خشونت علیه زنان از جدی‌ترین معضلات حقوق بشر در افغانستان است. این خشونت‌ها به اشکال مختلف علیه زنان اعمال می‌شود که‌گاه شکل بسیار خشن و وحشیانه می‌گیرد. رایج‌ترین انواع خشونت که در بانک اطلاعات کمیسیون ثبت شده است، شامل انواع خشونت‌های جسمی، جنسی، اقتصادی، لفظی و روانی و خشونت‌هایی که به نحوی از انحا با عرف ارتباط دارد، می‌شود.
در طول سال ۲۰۱۴، بالغ بر ۲۰۲۶ شاکی خشونت علیه زنان به دفا‌تر کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان مراجعه کرده و قضایایشان را به ثبت رسانده‌اند. در سال ۱۳۹۲ تعداد شاکیان خشونت علیه زنان که به دفا‌تر کمیسیون مراجعه کرده بودند، به ۲۱۵۹ نفر و در سال ۱۳۹۱ به ۱۷۵۰ مورد رسید. بنابراین، تعداد شاکیان خشونت علیه زنان در سال ۲۰۱۴ نسبت به سال خورشیدی ۱۳۹۲ حدود
۶. ۳درصد کاهش و نسبت به سال ۱۳۹۱ حدود ۱۵. ۸درصد افزایش را نشان می‌دهد.
اما مجموع آمار انواع خشونت علیه زنان که از قضایای ثبت‌شده شاکیان خشونت علیه زنان در طول سال ۲۰۱۴ به دست آمده است، به ۴۸۷۳ مورد می‌رسد. این رقم در سال ۱۳۹۲ به ۶۶۱۱ و در سال ۱۳۹۱ به ۵۷۰۱ مورد رسید. کاهش این ارقام در سال تحت پوشش این گزارش، چنانچه در بالا هم ذکر شده، ناشی از تغییر ساختار فرم ثبت قضایای خشونت علیه زنان در کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان است.
گسترده‌ترین و رایج‌ترین نوع خشونت علیه زنان خشونت فیزیکی و جسمی، به‌خصوص لت و کوب است. از مجموع آمارهای ثبت‌شده خشونت علیه زنان در جریان سال ۲۰۱۴، بالغ بر ۱۴۶۸ مورد آنها را که مشتمل بر ۳۰. ۱درصد کل موارد ثبت‌شده خشونت علیه زنان می‌شود، خشونت‌های فیزیکی و جسمی تشکیل می‌دهد. بالغ بر ۴۱۲ مورد دیگر نیز که حدود ۸. ۵درصد کل موارد خشونت علیه زنان در این مدت را تشکیل می‌دهد، شامل انواع خشونت‌های جنسی بوده و ۱۴۸۲ مورد دیگر نیز که حدود ۳۰. ۴درصد کل موارد خشونت علیه زنان است، شامل خشونت‌های لفظی و روانی است. همچنین ۱۰۲۴ مورد که شامل ۲۱درصد کل موارد خشونت علیه زنان می‌شود، خشونت‌های اقتصادی است. بقیه ۴۸۷ مورد دیگر که ۱۰درصد مجموع موارد را تشکیل می‌دهد، مشتمل بر سایر انواع خشونت علیه زنان است.
خشونت فیزیکی و جسمی به اشکال مختلف صورت می‌گیرد. قضایای خشونت علیه زنان نشان می‌دهد که در بسیاری موارد این خشونت‌ها بسیار شدید و سخت بر زنان اعمال می‌شود. آمار خشونت‌های جسمی نشان می‌دهد که از مجموع ۱۴۶۸ مورد خشونت جسمی و فیزیکی، بیشترین موارد آن شامل لت و کوب به اشکال مختلف است که بالغ بر ۱۲۹۰ مورد است. این رقم حدود ۸۸درصد موارد خشونت‌های جسمی و فیزیکی علیه زنان را شامل می‌شود.
بالغ بر ۸۷ مورد دیگر این قضایا مجروحیت است. ۳۸ مورد نیز کار اجباری گزارش شده و در ۱۹ مورد خشونت منجر به قتل شده است. آتش زدن مورد دیگری از خشونت‌های جسمی است که ۱۳ مورد را شامل می‌شود. در ۱۱ مورد دیگر قطع اعضای بدن قربانی صورت گرفته است.
یکی از انواع تکان‌دهنده خشونت جسمی که منجر به قتل زنان می‌شود، قتل ناموسی است که با توجیهات حیثیتی‌ـ ناموسی اتفاق می‌افتد. در جریان تحقیق ملی که کمیسیون در این زمینه انجام داد، ۲۴۳ مورد از قضایای قتل ناموسی مستند شده بود که در فاصله زمانی آغاز سال ۱۳۹۰ تا پایان ثور ۱۳۹۲ اتفاق افتاده بود. کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان در جریان سال ۱۳۹۲ نیز ۱۲۰ مورد قتل ناموسی را مستند کرده بود که بیشتر آنها در ولایات هرات، جلال‌آباد و گردیز اتفاق افتاده بود.
در سال ۲۰۱۴ نیز کمیسیون در مجموع ۱۶۲ حادثه قتل زنان را مستند‌سازی کرده است. از این میان ۹۲ قضیه قتل ناموسی و ۷۰ قضیه دیگر نیز قتل غیرناموسی بوده است. مناطق تحت پوشش دفتر ساحوی هرات کمیسیون بیشترین موارد قتل ناموسی را در سال ۲۰۱۴ شاهد بوده است. از مجموع ۹۲ قضیه قتل ناموسی، ۴۴ مورد آن به ولایت هرات اختصاص داشته است. پس از هرات، ولایات بلخ، قندهار و گردیز به ترتیب با ۱۴، ۱۳ و ۹ مورد قتل ناموسی قرار دارد. جلال‌آباد، فاریاب، هلمند، کندز و ارزگان موارد دیگر قتل ناموسی را شاهد بوده است.
خشونت جنسی، یکی دیگر از جدی‌ترین مشکلات زنان در افغانستان است. زنان و دختران زیادی هر‌ساله قربانی این جنایت می‌شوند. خشونت جنسی از مسائل تابویی در سنت‌های جامعه افغانی است. از این‌رو، تلاش می‌شود که وقایع خشونت جنسی کتمان شود. بنابراین، بسیاری از موارد خشونت‌های جنسی گزارش داده نشده و ثبت نمی‌شود. با این حال، در سال ۲۰۱۴ حدود ۴۱۲ مورد از خشونت‌های جنسی در دفا‌تر کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان درج شده است که ۸. ۵درصد کل موارد خشونت علیه زنان را تشکیل می‌دهد. در سال ۱۳۹۲ نیز ۴۵۳ مورد از قضایای خشونت جنسی علیه زنان به ثبت رسیده بود که نزدیک به ۷درصد کل موارد خشونت علیه زنان را در آن سال شامل می‌شد.