به‌طورکلی تمام جراحی‌ها تهدیدکننده و با خطراتی همراه هستند و به همین دلیل اغلب افراد پیش از رفتن به اتاق عمل دچار استرس و دودلی می‌شوند.   با وجود خطرزا بودن تمامی عمل‌های جراحی، برخی از آنها به‌طور خاص با ریسک بالاتری همراه هستند که دلیل آن حساس‌بودن عضو تحت عمل یا پیچیده بودن روند عمل است. به‌طورکلی هر روش جراحی که تهاجمی خوانده می‌شود، خطرزا خواهد بود و می‌تواند شامل برش پوست، بیهوشی یا نمونه‌برداری از بافت شود.  
مشکلات هنگام عمل جراحی می‌تواند از بیهوشی بیمار آغاز شود، به‌طور مثال ممکن است بیمار به داروی تزریق شده واکنش معکوس نشان دهد. بیهوشی گاهی اوقات با فرو بردن لوله تنفسی همراه و موجب فرو رفتن غذا با مایع به داخل ریه‌ها می‌شود.  همچنین در برخی موارد بیهوشی، افزایش شدید دمای بدن را به‌همراه دارد.  
از دیگر خطراتی که هنگام عمل جان بیمار را تهدید می‌کند می‌توان به مشکلات خونریزی و شکل‌گیری لخته‌های خونی اشاره کرد. البته این مشکلات نادر هستند و نباید فرد را از انجام عمل جراحی منصرف کنند.  
مدیکال‌دیلی در گزارش جدید خود به 5 مورد از خطرناکترین جراحی‌ها اشاره کرده که به شرح
 زیر است:  
1- جراحی قلب باز: عمل جراحی قلب باز شامل شکافتن قفسه‌سینه و جراحی روی ماهیچه‌های قلب، رگ‌ها یا دریچه‌های قلب است. شایع‌ترین نوع این عمل پیوند بای‌پس شریان کرونری است که در این عمل بخشی از یک رگ سالم به شریان کرونری مسدود شده پیوندزده می‌شود. در این عمل، جراح با بیهوشی عمومی شکافی روی قفسه سینه بیمار ایجاد می‌کند. بر اثر این عمل جراحی احتمال ابتلای فرد به عفونت زخم قفسه‌سینه، سکته‌قلبی یا سکته‌مغزی، ضربان نامرتب قلب، نارسایی کلیوی و ریوی و مشکلات تنفسی افزایش می‌یابد.  
2- عمل پیوند کبد: کبد، عضو مهم و با ارزش بدن به حساب می‌آید که وجود آن برای فعالیت‌های روزانه بدن حیاتی است.  این عضو حیاتی از بدن سم‌زدایی و غذا را به انرژی تبدیل می‌کند.  اگرچه پیوند کبد به نسبت فرآیندی معمول تلقی می‌شود اما همچنان با خطر بالایی برای بیمار همراه است و احتمال آن‌که بدن عضو جدید را نپذیرد بالاست و به همین دلیل این بیماران تا پایان عمر مجبور به استفاده از داروهایی هستند که سیستم ایمنی بدن آنان را با این عضو جدید سازگار کند تا کبد پیوندی را پس نزند. همچنین خونریزی، عفونت و مسدود شدن رگ‌های خونی از دیگر مشکلات متوجه بیماران دارای کبد پیوندی است.  
3- جراحی پیوند روده: وقتی روده‌ها جذب مواد مغذی،‌ مایعات و الکترولیت‌ها را متوقف کنند، فرد به نارسایی روده‌ای مبتلاست.  اگرچه مبتلایان به این نارسایی از طریق تزریق مواد خوراکی تغذیه می‌شوند اما اغلب با مشکلات تهدیدکننده ازجمله بیماری کبدی و حتی بیماری استخوانی مواجه می‌شوند. به همین دلیل بسیاری از پزشکان برای جلوگیری از این عوارض جانبی ترجیح می‌دهند در این بیماران پیوند کامل روده انجام شود.  
4- جراحی‌های مربوط به سرطان: این جراحی‌ها شامل جراحی‌های مربوط به خارج کردن تومور از بخش‌های مختلف بدن است و شامل خارج کردن آن از سینه در سرطان سینه یا خارج کردن ریه‌ها در سرطان ریه نیز می‌شوند. همچنین خطر خارج کردن یک عضو بدن طبعا با درد، عفونت، خونریزی، شکل‌گیری لخته‌‌خون و حتی عود کردن سرطان نیز همراه خواهد بود.  
5- جراحی مغز: بدون‌شک هر نوع از عمل جراحی مغز در نوع خود جزو خطرناکترین‌هاست. «کرانیوتومی»، رایج‌ترین نوع عمل جراحی مغز به منظور خارج کردن تومور است که باید توسط جراح بخشی از جمجمه شکافته شود. اغلب برای جراح این امکان وجود ندارد که در یک عمل جراحی تمامی تومور را خارج کند.  این عمل جراحی می‌تواند به عفونت، خونریزی مغزی، لخته خون، ورم مغز، تشنج و حتی سکته مغزی ناشی از کاهش فشارخون منجر شود.