شورای نگهبان بعضی از موارد و تبصره‌های طرح نحوه فعالیت احزاب و گروه‌های سیاسی را مغایر برخی اصول قانون اساسی دانست.
به گزارش ایرنا، طرح نحوه فعالیت احزاب و گروه‌های سیاسی مصوب جلسه 6 خرداد 1394 مجلس شورای اسلامی در جلسه 27 خرداد 1394 شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار گرفت. این شورا در قسمتی از نظرات خود درباره مصوبه مجلس تصریح کرده است: در تبصره یک ماده یک، اطلاق ارجاع موارد مذکور به هیأت وزیران، مغایر اصل 85 قانون اساسی شناخته شد. همچنین روشن نیست چه چیزی تهیه می‌شود و به تصویب هیأت وزیران می‌رسد. در ادامه نامه شورای نگهبان آمده است: در بند (الف) تبصره 2 ماده 2، جهان‌بینی، مبانی فکری و عقیدتی نباید مخالف اسلام باشد و الا اشکال شرعی دارد؛ همچنین در تبصره 4 این ماده، باید به همه مواردی که در اصل 26 قانون اساسی آمده است، تصریح شود و الا مغایر اصل مذکور است. شورای نگهبان در ادامه افزوده است: در
بند (پ) ماده 5، منظور از «دستگاه‌های امنیتی» روشن نیست؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد. همچنین اطلاق بند (ج) این ماده محرومیت عضویت اشخاص مذکور در مواردی که علت انحلال جرم نبوده باشد، مغایر اصل 26 قانون اساسی شناخته شد. همچنین در تبصره 3 ماده 9، از آن‌جا که مشخص نیست که بند (ث) ماده 5 چه خصوصیتی نسبت به سایر موارد دارد، ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد. مطابق نامه شورای نگهبان بند 3 ماده 10، مغایر اصول 57 و 60 قانون اساسی شناخته شد. همچنین بند 5 این ماده، مغایر اصول مربوط به وظایف مجلس شورای اسلامی و نمایندگان است. به‌علاوه تبصره‌های 3 و 5 این ماده نیز مبنیا بر ایرادات مذکور، واجد ایراد می‌باشند. این شورا در ادامه افزوده است: در تبصره 3 ماده 19، عبارت «به تشخیص قوه قضائیه» ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد. همچنین اطلاق حضور هیأت منصفه نسبت به همه جرایم، مغایر اصل 168 قانون اساسی شناخته شد و در ماده 20، از آن‌جا که لایحه مربوط به تشکیل هیأت منصفه، لایحه قضایی است، تهیه آن توسط دولت، مغایر بند 2 اصل 158 قانون اساسی شناخته شد همچنین تبصره 2 ماده 21، با توجه به اختلاف منشأ درآمدهای حزب و مصارفی که برای آنها معین شده، ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد. در قسمتی از تذکرات شورا نیز آمده است: براساس تبصره 6 ماده 19، در صورت انحلال یا لغو پروانه فعالیت حزب، اعضای موثر آن تا پنج‌سال مجاز به هیچ‌گونه فعالیت تشکیلاتی نیستند درحالی‌که در بند (ج) ماده 5، اعضای موثر احزاب منحل شده توسط دادگاه به‌طورکلی از تأسیس حزب یا عضویت آن محروم شده‌اند؛ لذا مشخص نیست نسبت این دو ماده با هم چگونه است؟