در پی صدور حکم اعدام آیت‌الله شیخ نمر از سوی دادگاه عربستان سعودی، مراجع تقلید، علما و شخصیت‌های حوزوی این حکم ظالمانه را محکوم کردند و خواستار واکنش مجامع جهانی و اسلامی در قبال این حکم شدند. بر همین اساس آیت‌الله‌جوادی‌آملی از مراجع تقلید، با بیان این‌که دود اعدام شیخ‌نمر به چشم آل‌سعود می‌رود، گفت: اگر دیوانگی آل‌سعود گل کرده و این عالم بزرگوار را به شهادت برساند، این فرد آسیب نمی‌بیند، ولی آل‌سعود سقوط می‌کند و به بدترین درجه می‌رسد. به گزارش فارس، آیت‌الله جوادی‌آملی خاطرنشان کرد: یکی از ادله محکومیت به اعدام این عالم بزرگوار، شیخ نمر این است که چرا در جریان کشور بحرین دخالت می‌کند که در جواب باید به آنها گفت شما به یمن حمله می‌کنید، دخالت نیست و شیخ نمر که نصیحت کرده، دخالت محسوب می‌شود. او با بیان این‌که امروز در منطقه خاورمیانه آل‌سعود به آدم‌کشی عادت کرده است، گفت: آنها فکر می‌کنند، مرگ پایان راه است، امروز آمریکا اگر خود را برجسته می‌داند، زیرا زیر پای او ٧٠میلیون قبر از جنگ جهانی اول و دوم است. همچنین آیت‌الله نوری‌همدانی نیز نسبت به تبعات غیرقابل پیش‌بینی اعدام شیخ نمر از سوی حکومت ظالم آل‌سعود هشدار داد و گفت: حوزه علمیه، علما و مردم ایران چنین جنایتی را ناحق دانسته و در برابر هیچ ظلمی ساکت نخواهند ماند.