حکومت کوبا دارای یک سامانه بهداشتی - ملی است و مسئولیت‌های مالی و اجرایی ارایه خدمات بهداشتی به تمامی شهروندان کوبا به عهده این سازمان است. هیچ بیمارستان یا درمانگاه خصوصی‌ای در کوبا وجود ندارد و ارایه تمامی خدمات بهداشتی توسط دولت صورت می‌گیرد. وزیر کنونی بهداشت در کوبا خوزه رومن بالگور است.
نگرانی‌های کلی در مورد بیماری و میزان و مرگ‌ومیر نوزادان در دهه ۱۹۶۰ در کوبا وجود داشت. اما در دهه ۱۹۸۰ این نگرانی‌ها از بین رفت. چرا که از آن زمان به بعد در وضع بهداشتی کوبا پیشرفت‌های قابل‌توجهی صورت گرفت. درحال حاضر، میزان شیوع ایدز به ازای واحد جمعیت در کوبا تنها یک ششم میزان ایدز در آمریکا است. همچون سایر بخش‌های اقتصادی کوبا، تحقیقات فراوان همگی حاکی از آن هستند که وضع بهداشت این کشور نیز پس از اعمال تحریم‌ها علیه این کشور توسط آمریکا ضربه شدیدی خورد. البته قطع یارانه‌های دریافتی از شوروی نیز بی‌تاثیر نبود. کوبا یکی از بالاترین آمارهای «امید زندگی» در منطقه را داراست. به عبارتی دیگر میانگین «امید زندگی» در این کشور ۷۷٫۶۴‌سال است. (تنها پایین‌تر از آمریکا با میانگین ۷۸٫۱۱‌سال عمر)
در دهه ۱۹۵۰، کوبا یکی از بهترین خدمات پزشکی را در قاره آمریکا دارا بود و فاصله‌ای با کیفیت خدمات بهداشتی در آمریکا و کانادا نداشت. کوبا یکی از پیشگامان در معیار «امید زندگی» بود و تعداد پزشکان به ازای هر ‌هزار نفر جمعیت در کوبا از بریتانیا، فرانسه و هلند نیز بالاتر بود. همچنین در آمریکای لاتین پس از اروگوئه و آرژانتین رتبه سوم متعلق به کوبا بود. با این وجود نابرابری‌هایی وجود داشت. چراکه اکثر پزشکان کوبا در شهرها و مناطق مهم حضور داشتند و شرایط در مناطق روستایی و به‌ویژه در اورینت (Oriente) به طرز قابل توجهی با مشکل مواجه بود. به عبارت دقیق‌تر، تنها ۸‌درصد جمعیت روستانشین به امکانات بهداشتی- درمانی دسترسی داشتند. اما در مجموع، میزان مرگ‌ومیر در این کشور بسیار پایین بود (سومین کشور جهان) و طبق آمار سازمان بهداشت جهانی، کوبا دارای پایین‌ترین میزان مرگ‌ومیر نوزادان در آمریکای لاتین بود.
پس از انقلاب
پس از انقلاب و متعاقب اعمال تحریم کوبا توسط آمریکا، میزان بیماری و مرگ‌ومیر نوزادان در دهه ۱۹۶۰ افزایش یافت. دولت جدید کوبا، به حمایت از خدمات بهداشتی همگانی برخاست. در ۱۹۶۰ یک پزشک و انقلابی به نام چه‌گوارا اهداف خود را برای آینده خدمات بهداشتی در کوبا در یک مقاله تحت‌عنوان «در باب پزشکی انقلابی» ارایه کرد. در این کتاب چنین آمده است: کاری که امروز به وزارت بهداشت و سازمان‌های مشابه، سپرده می‌شود ارایه خدمات بهداشتی همگانی برای بیشترین تعداد افراد ممکن، طرح‌ریزی برنامه‌های پزشکی در رابطه با پیشگیری از بیماری‌ها،و راهنمایی مردم برای انجام فعالیت‌های بهداشتی است.
این اهداف، تقریبا پس از مدت ناچیزی، به دلیل مهاجرت دسته‌جمعی نزدیک به نیمی از پزشکان کوبا به آمریکا و ترک کشور مختل شد. پس از این اتفاق، کوبا تنها دارای ۳۰۰۰ پزشک و ۱۶ پروفسور در بخش پزشکی دانشگاه‌ هاوانا بود. در ابتدای دهه ۱۹۶۰، وزارت بهداشت و خدمات درمانی برنامه‌ای را برای ملی‌سازی و بومی‌سازی خدمات پزشکی و درمانی آغاز کرد.
در ۱۹۷۶، برنامه‌های خدمات درمانی- پزشکی کوبا در اصل ۵۰ نسخه تجدیدنظر شده قانون اساسی کوبا چنین عنوان شد: این حق همه انسان‌هاست که به خدمات و مراقبت‌های بهداشتی دسترسی داشته باشند. دولت این حق را با ارایه مراقبت‌های پزشکی و بیمارستانی رایگان تضمین می‌کند. به عبارت دقیق‌تر، از طریق تأسیس شبکه خدمات پزشکی روستایی، درمانگاه‌های چندگانه، بیمارستان‌ها، مراکز پیشگیری و درمان تخصصی، ارایه رایگان خدمات دندانپزشکی، ترویج کمپین‌های عمومی بهداشت، آموزش بهداشت، معاینه‌های پزشکی منظم، واکسیناسیون عمومی و سایر معیارهای سنجش برای پیشگیری از شیوع بیماری‌ها. تمامی اقشار جامعه در این فعالیت‌ها و برنامه‌ها از طریق سازمان‌های اجتماعی و مردمی شرکت می‌کنند.
نسبت تعداد پزشک به بیمار در کوبا طی نیمه‌دوم قرن بیستم به شکل چشمگیری افزایش یافت. به عبارت دقیق‌تر، از ۹٫۲ پزشک به ازای هر ۱۰‌هزار نفر در ‌سال ۱۹۵۸، به ۵۸٫۲ پزشک به ازای هر ۱۰‌هزار نفر در ‌سال ۱۹۹۹. در دهه ۱۹۶۰، کوبا، برنامه واکسیناسیون‌های همگانی را پیاده کرد. این اقدام باعث ریشه‌کن شدن بسیاری از بیماری‌های واگیردار ازجمله فلج اطفال و سرخجه شد. هر چند که برخی بیماری‌ها طی دوره خاص (فشار اقتصادی) در دهه ۱۹۹۰ افزایش یافت (نظیر آبله مرغان، هپاتیت و سل). برنامه‌های دیگر شامل اقدام برای کاهش میزان مرگ‌ومیر نوزادان در ۱۹۷۰ بود که به‌ویژه معطوف به مراقبت‌های والدین و مربوط به مادر می‌شد.
پس از فروپاشی شوروی
قطع شدن یارانه‌های ارسالی از شوروی باعث شد تا کوبا در اوایل دهه ۱۹۹۰ دچار قحطی شود. با این وجود دولت کوبا از دریافت کمک‌های غذایی، دارویی و مالی آمریکا به این کشور تا ‌سال ۱۹۹۳ خودداری کرد.
در‌ سال ۲۰۰۷ کوبا عنوان کرد که درحال رایانه‌ای‌کردن و ایجاد شبکه بانک خون ملی، تصویربرداری پزشکی و مربوط به کلیه است. کوبا پس از فرانسه، دومین کشور جهان است که دست به چنین اقداماتی زده ‌است. کوبا درحال آماده‌سازی دفتر ثبت رایانه‌ای امور بهداشت، سامانه مدیریت بیمارستانی، مراقبت‌های بهداشتی اولیه، خدمات بخش آموزش، پروژه‌های ژنتیک پزشکی، علوم اعصاب و نرم‌افزار آموزشی است. هدف از انجام این اقدامات، ارایه خدمات بهداشتی با کیفیت بالا برای همه مردم کوبا و به‌طور رایگان، افزایش متخصصان و ترقی پروژه‌های توسعه تحقیقات است. یک بخش مهم از این فرآیند تضمین دستیابی تمامی واحدها و کارمندان سامانه بهداشت ملی به وب‌سایت بهداشت و شبکه اطلاعات کوبا(INFOMED)  است.
وضعیت کنونی
بر مبنای آمارهای سازمان بهداشت جهانی
- امید زندگی در کوبا برای مردان ۷۶٫۰ و برای زنان ۸۰٫۰ است. (میانگین جهانی ۶۸ سال)
- میزان مرگ‌ومیر کودکان در کوبا ۸٫۷ در هر ۱۰۰۰ نفر است.
- میزان مرگ‌ومیر بزرگسالان در کوبا ۱۳۱٫۸۵ در هر ۱۰۰۰ نفر
- مجموع هزینه‌های بهداشت به ازای هر نفر در کوبا ۳۶۳ دلار است. (۲۰۰۶)
- نسبت مجموع هزینه‌های بهداشت به تولید ناخالص داخلی در کوبا ۷٫۱درصد است.(۲۰۰۶)
- احتمال مرگ کودک قبل از ۵ سالگی: ۶ در هر ۱۰۰۰ نفر (میانگین جهانی ۶۵ نفر در هر‌ هزار نفر)
- میزان شیوع ایدز:  یک نفر در هر ‌هزار نفر (میانگین جهانی ۸ نفر در هر‌ هزار نفر)
- درصدی از جمعیت که در مناطق شهری زندگی می‌کنند: ۷۶درصد (میانگین جهانی ۵۰درصد)
- میزان شیوع سل: ۲ نفر در هر ‌هزار نفر (میانگین جهانی ۱۷۰ نفر در هر ‌هزار نفر)
- میزان افراد چاق در جمعیت مذکر ۸درصد و در مونث ۱۵٫۴درصد است.
- ۹۵٫۲درصد جمعیت کوبا به آب آشامیدنی سالم دسترسی دارند.
- ۹۴درصد جمعیت کوبا دارای دستگاه‌های بازیافت آب و استفاده مجدد از آن هستند.
مقایسه وضع خدمات بهداشتی پیش و پس از انقلاب
امید زندگی در کوبا در‌ سال ۱۹۵۵، ۶۳ ‌سال بود. در ۱۹۶۰، ۶۳٫۹‌ سال بود. طبق آمار بانک جهانی در ۱۹۶۰ متوسط امید زندگی در جهان ۵۰٫۱۸ ‌سال و در آمریکا ۶۹٫۷۷‌ سال بود. در‌ سال ۲۰۰۷، امید زندگی در کوبا ۷۸٫۲۶ است. این درحالی است که متوسط امید زندگی در جهان ۶۸٫۷۶‌سال و در آمریکا ۷۷٫۹۹ است.(آمار بانک جهانی)
میزان مرگ‌ومیر کودکان قبل از ۵ سالگی در ‌سال ۱۹۶۰ در کوبا ۵۴ نفر در هر ۱۰۰۰ نفر بود. (بانک‌جهانی) این درحالی بود که این میزان در آمریکا ۳۲٫۲ نفر در هر ۱۰۰۰ نفر و میانگین جهانی در ۱۹۷۰ (۱۹۶۰ موجود نیست) ۱۵۴٫۶۶ در هر ‌هزار نفر بود. این آمار در ‌سال ۲۰۰۷ برای کوبا ۶٫۵ نفر در هر‌ هزار نفر، برای متوسط جهانی ۶۸٫۰۱ نفر در هر ‌هزار نفر و برای آمریکا ۷٫۶۰ نفر در هر‌ هزار نفر است.
میزان مرگ‌ومیر نوزادان در کوبا در ‌سال ۱۹۵۷، ۳۲نفر در هر ‌هزار نفر بود. در سال‌های 2005-2000 این رقم ۶٫۱ در هر ‌هزار نفر است. این رقم برای آمریکا ۶٫۸ در هر ‌هزار نفر است. طبق آمار سازمان بهداشت جهانی در‌ سال ۲۰۰۹ این رقم برای کوبا ۵، برای متوسط جهانی ۴۶، برای کشورهای با درآمد بالا ۶ و برای آمریکا ۶ است. کوبا در ‌سال ۱۹۵۷، به ازای هر ۱۰۰هزار نفر دارای ۱۲۸ پزشک و دندانپزشک بود. این رقم قابل مقایسه با کشورهای اروپایی و بالاتر از تمامی کشورهای منطقه بود. در ‌سال ۲۰۰۵، کوبا دارای ۶۲۷ پزشک و ۹۴دندانپزشک به ازای هر ۱۰۰هزار نفر بود. این درحالی است که در ‌سال ۲۰۰۵، آمریکا دارای ۲۵۵ پزشک و ۵۴ دندانپزشک در ۱۰۰هزار نفر جمعیت بود.