فروردین‌ماه جاری مادر سیدمحمد خاتمی رئیس دوره اصلاخات نیز دارفانی را وداع گفت که رئیس جمهوری اسلامی ایران در پیامی درگذشت والده حجت‌الاسلام‌والمسلمین سیدمحمد خاتمی را تسلیت گفت و برای آن مرحومه علو درجات را از خداوند متعال مسألت کرد. به گزارش پايگاه اطلاع‌رساني رياست‌جمهوري، بخشی از متن پیام حجت‌الاسلام‌والمسلمین روحانی که خطاب به محمدخاتمی صادر شده به این شرح است: «درگذشت والده بزرگوارتان، مرحومه سکینه ضیایی موجب تألم و تأثر عمیق گردید. آن بانوی فاضله در دوران نهضت اسلامی و دفاع مقدس در كنار فداكاری‌های مرحوم آیت‌الله سیدروح‌الله خاتمی حضوری تأثیرگذار داشت.» همچنین در پی درگذشت مادر رئیس دولت اصلاحات، آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام پیام تسلیتی صادر کرد. همچنین علی لاریجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی نیز طی پیامی درگذشت همسر آیت الله خاتمی را تسلیت گفت.