مشاور و همراه و فرزند امام و محبوب مردم بودن و صاحب رأی و نظر در مسائل سیاسی بودن، و داشتن نقشی موثر در پیروزی انقلاب، موقعیتی ویژه در افکار عمومی برای یادگار امام پدید آورده بود و به همین میزان انتظار و توقع جریانات سیاسی از وی فراوان بود و از سوی دیگر، فرزند امام با درک دقیق موقعیت خطیر خویش در کنار امام و با توجه به سفارشات آن حضرت، از ورود به احزاب و گروه‌های سیاسی ابا می‌ورزید و در عین حال با استقلال رأی و صراحت لهجه‌ای که داشت موضع انتقادی خویش را در رابطه با مواضع احزاب و دستجات سیاسی ابراز می‌نمود. و بدین ترتیب گروه‌هایی که او را در حزب خویش نمی‌دیدند و از انتقادات او رنجیده خاطر می‌شدند وی را مدافع گروه مخالف خویش قلمداد کرده و چه اتهامات ناروایی که بعضی‌ها در همین رابطه نثار آن دریادل نکردند! البته در این میان، عناصر
ضد انقلاب و مخالفین امام که جرأت رویارویی و برخورد با امام را نداشتند، فرزند ایشان را آماج اتهامات عقده‌گشای خویش می‌ساختند. اتهاماتی از مخالف روحانیت گرفته تا طرفداری از بنی‌صدر و کانالیزه کردن امام. متاسفانه برخی از دوستان ناآگاه نیز تحت‌تأثیر همین تبلیغات قرار گرفته و در نامه‌های خود به امام و یا محافل خصوصی و عمومی خویش بر زخم دلش نمک می‌پاشیدند، و شگفت آن‌که او هرگز لب به شکوه نگشود و با آن‌که نوشته‌های گرانبهای افتخارآمیزی از حضرت امام در ردّ این تهمت‌ها در اختیار داشت، اجازۀ انتشار
 آن را نداد.
برای مثال مرحوم حاج احمد آقا در تاریخ 30/7/58 ضمن مصاحبه‌ای با خبرگزاران پارس چنین می‌گوید: « بازار ناروا چنان داغ است که ممکن است حتی چون منی را که غیراز صراحت هیچ ندارد رئیس یک گروه زیرزمینی که از هر دسته و گروهی با شرایطی بسیار سخت عضوگیری می‌نماید، معرفی کنند! من بعد از شهادتین اعلام می‌دارم:  به تمام آنچه که در دو مصاحبۀ خودم گفتم معتقدم و عقیده‌ام را هرگز با مصلحتم معامله نخواهم کرد. من بارها و بارها تکرار کرده‌ام که به هیچ حزب و دسته و جبهه و گروه و سازمان و جمعیتی مربوط نیستم، عضو هیچ یک از آنها نمی‌باشم و با هیچ یک از آنها نه مستقیم و نه غیرمستقیم ارتباط ندارم و اگر حزب یا دسته‌ای به دروغ بخواهند مرا به خودشان نسبت دهند کاری غیراسلامی کرده‌اند، ولی ممکن است که حزب و گروه و دسته‌ای از حرف‌های من طرفداری کنند.»
ایشان یک‌سال قبل نیز (8/11/57) و در شرایطی که کمتر کسی از محدوده آزادی‌ها سخن می‌گفت در مصاحبه‌ای با نماینده روزنامه اطلاعات در پاریس نظر خود را دربارۀ آزادی بیان و احزاب با صراحت چنین اعلام می‌کنند: «ملاک عدم جواز آزادی، خیانت به دین و ملت است. آزادی تا آن‌جا که به ملت خیانت نباشد مانعی ندارد. ولی اگر یک وطن‌فروش، آزاد باشد حزبی تشکیل دهد و علیه دین و دیانت و ملت و مملکت تبلیغ کند، شدیداً از آن جلوگیری می‌شود. آنچه آزاد است، آزادی افکار است. البته باید [احزاب] روزنامه و مجله خودشان را هم با آرم و مشخصات معین کنند، نه این‌که صفحه اول را مزین به نام پیغمبر و امام کنند و اخبار ایران را که سراسر مذهبی است نقل کنند ولی تحلیل‌هایی که می‌شود بر ضد معتقدات ملی و مذهبی جامعه باشد. این یک خیانت است و شدیداً چارچوبها باید مشخص گردد... ملت باید تشخیص دهد چه نوع فکری را از چه شخصی و یا گروهی بپذیرد و یا ترویج کند. از همۀ اینها که بگذریم امروز که ملت به راستی گرفتار ابرقدرت‌ها است و هر روز شاهد توطئه‌ای است فقط اتحاد است که تمام توطئه‌ها را خنثی می‌کند.»
یکی از مسائلی که در مورد یادگار امام مطرح و مدت‌ها نقل مجالس بود موضوع «خط سوم» است که این امر نیز مانند دیگر مسائل سال‌های اولیه بعد از پیروزی و تحت‌تأثیر فضای سیاسی آن ایام در اغلب تحلیل‌ها با مطالب خلاف واقع توأم گردیده است. واقعیت آن است که عدم ورود ایشان به احزاب و گروه‌ها و گرایش مستقل آن مرحوم طبعاً با توجه به شخصیت و موقعیتی که داشت بر همفکرانشان در جامعه تأثیر خود را می‌گذاشت و بدین ترتیب پیروی دفاع از خط امام جدای از روابط حزبی و گروهی به‌عنوان یک خط مشی سیاسی نزد برخی از فعالان سیاسی و مذهبی جامعه مطرح می‌شد. او خود در مصاحبه‌ای در تاریخ 23/1/1360 درخصوص خط سوم اینگونه گفته است: « بگذارید کمی به عقب برگردیم شبی گفتند آقای علی تهرانی در جایی بود، رفتم تا به ایشان بگویم اینگونه موضعگیری‌ها را چگونه توجیه می‌کنید؟ آن‌جا که رفتم؛ جمعیتی را دیدم، به محض این‌که نشستم، یکسری سوال مطرح شد. من از اول عقیده‌ام این بوده است که عده‌ای هستند مکتبی و معتقد، که روی چشممان، عده‌ای هم هستند که مکتب را عنوان کرده‌اند و از آن نان می‌خورند. عده‌ای هم هستند اهل قلم و بیان و به اصطلاح «روشنفکر» که هیچ‌گونه شناختی از جامعه ندارند و فقط مواظبند عقب نیفتند که خطرشان کمتر از دسته دوم نیست. من گفتم و می‌گویم باید به اسلام راستین توجه کرد و این دو خط را که باطل است کنار گذاشت و خط سوم را که راستین است و تنها راه نجات است دنبال کنیم. من بیش از این هیچ نگفتم. خط سومی که امام راهبر آن است. بعد شنیدم این نوار را پخش کرده‌اند و گفته شده که من جلساتی چه قبل از زمان صحبتم و چه بعد با اشخاصی داشته‌ام، این را تکذیب می‌کنم، ... البته در آن جلسه صحبت‌هایی شد که اگر فرزند امام نبودم جواب می‌دادم، ولی سکوت را نفع دانستم».
از ویژگی‌های برجستۀ یادگار امام در برخورد با اشخاص و جریانات فکری و سیاسی جامعۀ آن بود که به جز مسأله تبعیت محض و آگاهانه از ولایت به‌عنوان یک اصل مترّقی و در عین حال اصل تعبّدی شرعی، در سایر مسائل از مطلق‌نگری و مطلق‌انگاریِ اشخاص و پدیده‌های سیاسی و اجتماعی شدیداً امتناع می‌ورزید و معتقد بود که نقاط ضعف و قوت افراد و جریانات را باید با هم دید، و سهم مثبت و منفی هر یک را در برخورد با انقلاب و مسائل آن منصفانه ارزیابی کرد و از انتقاد بجا و بیان ضعف‌ها نباید هراسید و در عین حال از واقعیت‌ها و نکات مثبت نیز نباید چشم‌پوشی کرد. در جبهۀ خودی و در درون جامعه اسلامی هرگز نباید اختلاف‌نظرها و سلیقه‌های سیاسی سبب نادیده گرفتن حدود شرعی و زیر پا نهادن روابط انسانی شود. و کرامت و حفظ حرمت انسان‌ها را نباید به بهانه اختلاف‌نظر مخدوش نمود. نمونه‌های بارزی از این نگرش را در مصاحبه‌ها و رفتار آن عزیز فراوان مشاهده می‌کنیم.
او حتی تا پایان عمر، روابط انسانی خود را با کسانی که آن همه کارشکنی و مخالفت کردند و انواع تهمت‌ها و زخم زبان‌ها را نسبت به وی روا داشتند قطع نکرد. بارها شاهد بودیم که به عیادت و دیدن کسانی می‌رفت و با دلسوزی و به جدیت، رفع گرفتاری و مشکل کسانی را پیگیری می‌کرد که آنها در گذشته از هیچ کوششی برای ضربه زدن و رنجانیدنش دریغ نکرده بودند. حقیقتاً در این جنبه، او مناعت طبع و بزرگ‌منشی را به‌تمام و کمال از حضرت امام آموخته و بکار بسته بود.