موسسه امام‌ هادي (عليه‌السلام) به‌عنوان يک موسسه غيرانتفاعي غيردولتي خيريه مذهبي، در سال1377 در شهر قم فعاليت خود را آغاز کرد. شماره ثبت موسسه 1025 است. از همان ابتداي تاسيس به پشتوانه حضور خالصانه موسسان و همچنين به‌پاس اعتماد و حمايت‌هاي مردمي، موسسه توانست دامنه فعاليت‌هاي خود را توسعه دهد و امور شايان ذکري را به انجام برساند. موسسه امام‌هادي(عليه‌السلام) يک موسسه صرفا خيريه، مذهبي است و از هر نوع گرايش سياسي به‌دور است. تنها منبع تأمين هزينه‌هاي موسسه، کمک‌هاي مردمي است. سايت موسسه براي رسيدگي به ايتام و امور نيازمندان راه‌اندازي شده است.
موسسه خیریه مهر امام‌هادی (علیه‌السلام) از تاریخ 2 خرداد 1390 کار خود را به شکل رسمی آغاز کرد. لازم به ذکر است که پیش از آن نیز موسسه به‌صورت غیررسمی فعال بوده است. پس از طی مراحل مقدماتی در اداره‌کل ثبت شرکت‌ها و ارسال نامه درخواست ثبت‌مجوز به پلیس امنیت ناجا و تأیید سوابق موسسان، مجوز خیریه از نیروی انتظامی اخذ شد.
نوع فعالیت موسسه مطابق اساسنامه مصوبه غیرسیاسی، غیرتجاری، غیرانتفاعی و به شماره 1025 و با شناسه‌ملی 10590024941 در تاریخ
 2 خرداد 1390 ثبت شده است.
موسسه مهر امام هادی(ع) دو هدف کلی را
 دنبال می‌کند:
1- حمایت و تکفل ایتام:  
از بدو تأسیس تاکنون (تیرماه 92) تعداد
 927 کودک مورد حمایت موسسه قرار گرفته و ماهانه مبلغ حدودی 57‌میلیون‌تومان از طرف خیرین موسسه به این عزیزان اهدا می‌شود.
2- ترویج فرهنگ رسیدگی به ایتام:
هدف اصلی موسسه، فرهنگ‌سازی بیشتر در سطح کشور برای توجه عموم مردم به موضوع ایتام است. برای همین منظور نیز سایت موسسه تأسیس شده است. ازجمله فعالیت‌های انجام شده تاکنون:  
درج مقالات(در سایت‌هایی مانند تابناک،
عصر ایران، شیعه آنلاین، ایران‌ویج، نیک‌صالحی و ...)
چاپ کتاب(روز حسین)
چاپ پوستر و توزیع آن در مکان‌هایی مانند مترو تهران و بازار کیش و...