رئیس قوه قضاییه به دادستان کل کشور دستور داد که با قید فوریت و جدیت پرونده حادثه بندر شهید رجایی را با همکاری دستگاه‌های امنیتی و اطلاعتی پیگیری کرده و اگر قصور و تقصیری در هر مرتبه و دستگاهی واقع شده، شناسایی و برخورد قانونی صورت گیرد.
حجت‌الاسلام والمسلمین غلامحسین محسنی اژه‌ای اظهار کرد: مسئولان امر در قوا و دستگاه‌های مختلف از نخستین لحظات پس از حادثه، در میدان حاضر شدند و مجاهدت کردند تا هم بحران مدیریت شود و هم امور روزمره بندر و عملیات ترانزیتی مختل نشود؛ از این‌رو جا دارد از همه آنها قدردانی کنیم؛ مقامات قضایی استان هرمزگان نیز از دقایق ابتدایی در میدان حادثه حضور داشتند و ما نیز در مرکز با آنها در تماس مستمر بودیم.
رئیس دستگاه قضا تصریح کرد:
مقامات قضایی ذیربط ازجمله دادستان کل کشور با همکاری دستگاه‌های امنیتی و اطلاعاتی، مقصران احتمالی و تعلل‌کنندگان و عناصری که قصور و کوتاهی آنها موجب بروز حادثه بندر شهید رجایی شد را سریعاً شناسایی کنند و وفق قانون و به حسب و تناسب موازین و مراتب مربوطه، برخوردهای مقتضی را با آنها انجام دهند.
محسنی اژه‌ای با بیان اینکه دادستان کل کشور درصورت لزوم برای این منظور نیروی ویژه بگمارد، افزود: در این راستا، علاوه بر دقت، سرعت عمل نیز بسیار مهم است، همچنین کمیته‌های تشکیل شده درخصوص پیگیری ابعاد حادثه با جدیت کار را دنبال کنند و گذشت زمان سبب نشود که از جدیت کار آنها کاسته شود.
رئیس دستگاه عدلیه اظهار کرد: نکته مهم دیگر آن است که همه مسئولان امر در بخش‌ها و دستگاه‌های ذیصلاح، درخصوص ابعاد این حادثه، اطلاعات شفاف و صحیح را به افکار عمومی ارائه دهند تا از رواج شایعات و اکاذیبی که ایجاد می‌شود، جلوگیری شود، همچنین با عناصری که قصد سوء‌استفاده از این فضا و تهدید امنیت روانی مردم را نیز دارند، برخورد مقتضی به عمل‌اید.