جنگنده‌ها جزو پیچیده‌ترین و گران قیمت‌ترین تجهیزات جنگی جهان هستند و قیمت‌های سرسام‌آور آن‌ها به دلیل هزینه‌های هنگفتی است که صرف طراحی و مهندسی این هواپیماها می‌شود. اما در میان تمام جنگنده‌های قرن بیست و یکم، اف-۲۲ رپتور یکی از برجسته‌ترین و پیشرفته‌ترین آن‌هاست. این جنگنده هزینه‌ای هنگفتی بر روی دست دولت آمریکا گذاشته، به طوری که بر اساس گزارش دفتر خدمات پژوهشی کنگره، هزینه کل این پروژه به ۶۷.۳ میلیارد دلار رسیده است. از آنجایی که کمتر از ۲۰۰ فروند از این جنگنده تولید شده، قیمت هر یک از آن‌ها برای مالیات‌دهندگان آمریکایی ۳۶۹.۵ میلیون دلار آب خورده است. همین هزینه‌ی سرسام‌آور یکی از دلایل اصلی توقف تولید اف-۲۲ رپتور به حساب می‌آید. به‌طور معمول، قیمت یک جنگنده نسل چهارم بین ۲۰ تا ۴۰ میلیون دلار است، در حالی که احتمال دارد گزینه‌های جدیدتر و چابک‌تر، قیمت بالاتری داشته باشند.
برای مقایسه، هزینه اف-۳۵ بین ۱۱۰ میلیون دلار تا ۱۳۵.۸ میلیون دلار برای مالیات‌دهندگان آمریکایی خواهد بود که اصلاً ارزان نیست، اما اف-۲۲ هزینه به مراتب بیشتری را می‌طلبد. طبق گزارش دفتر حسابرسی دولت آمریکا، مقایسه هزینه‌های پس از خرید این جنگنده نشان می‌دهد که هزینه هر ساعت پرواز اف-۳۵ کمی کمتر از ۴۲ هزار دلار است، در حالی که اف-۲۲ بیش از دو برابر این مقدار یعنی ۸۵۳۲۵ دلار برای هر ساعت پرواز هزینه دارد. این هزینه‌ها شامل سوخت، نگهداری و پرسنل می‌شود. این مبلغ بسیار بالا است و باید توجه داشت که این هزینه‌ها پس از پرداخت ۳۵۰ میلیون دلار توسط دولت آمریکا برای خرید هر جنگنده به وجود می‌آید. در نتیجه، نیروی هوایی آمریکا که هنوز از اف-۲۲ استفاده می‌کند، تمرکز بیشتری بر روی اف-۳۵ و توسعه جنگنده‌های نسل ششم (که در آینده نزدیک وارد عرصه می‌شوند) دارد.