یافته‌های جدید نشان داده‌اند که قهوه، به‌عنوان یکی از محبوب‌ترین نوشیدنی‌های جهان، ممکن است از طریق پلی‌فنول‌ها و ترکیبات زیست‌فعال خود تأثیر مثبتی بر سلامت روده داشته باشد. در افرادی که قهوه می‌نوشند میزان باکتری‌های مفید روده به‌طور قابل‌توجهی بالاتر است. در مصرف‌کنندگان متوسط و زیاد، این میزان به ترتیب ۳.۴ تا ۶.۴ برابر و ۴.۵ تا ۸ برابر بیشتر از افرادی بود که قهوه مصرف نمی‌کردند. این اثر اما به کافئین محدود نبود. آزمایش‌ها نشان دادند که قهوه کافئین‌دار و بدون کافئین هر دو موجب رشد این باکتری در شرایط آزمایشگاهی شدند. ارتباط بین مصرف قهوه و افزایش باکتری‌های مفید روده در داده‌های مختلف از ۲۵ کشور مشاهده شد و این الگو در سطح جهانی نیز تأیید شد.
ترکیباتی مانند اسید کوینیک و اسیدهای کلروژنیک موجود در قهوه احتمالاً به‌عنوان پری‌بیوتیک عمل کرده و رشد باکتری‌های مفید را تسهیل می‌کنند. این ترکیبات ممکن است بر سلامت روده، التهاب و فرآیندهای متابولیک تأثیر بگذارند و احتمالاً به کاهش خطر بیماری‌های مزمن مرتبط شوند. مصرف متعادل قهوه (یک تا ۳ فنجان در روز) ممکن است مزایای مشابهی با مصرف زیاد داشته باشد، بنابراین نیازی به مصرف بیش از حد نیست. این باکتری ممکن است به متابولیزه کردن ترکیبات زیست‌فعال قهوه کمک کند و اثرات ضدالتهابی و متابولیکی آن را تقویت کند. همچنین، نقش قهوه در افزایش تنوع میکروبی می‌تواند با فواید گسترده‌تر برای سلامت روده مرتبط باشد.