رهبر معظم انقلاب اسلامی در پی شهادت اسماعیل هنیه تأکید کردند: رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست با این اقدام زمینه مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت و خونخواهی او را که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود می‌دانیم.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
«بسم اللّه الرّحمن الرّحیم
انّا للّه و انّا الیه راجعون
ملت عزیز ایران!
رهبر شجاع و مجاهد برجسته فلسطینی جناب آقای اسماعیل هنیه در سحرگاه دیشب به لقاء‌الله پیوست و جبهه عظیم مقاومت عزادار شد. رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست، میهمان عزیز ما را در خانه ما به شهادت رسانید و ما را داغدار کرد، ولی زمینه مجازاتی سخت برای خود را نیز فراهم ساخت.
شهید هنیه سال‌ها جان گرامی‌اش را در میدان مبارزه‌ای شرافتمندانه بر سر دست گرفته و آماده شهادت بود، و فرزندان و کسان خود را در این راه تقدیم کرده بود. او از شهید شدن در راه خدا و نجات بندگان خدا باک نداشت، ولی ما در این حادثه تلخ و سخت که در حریم جمهوری اسلامی اتفاق افتاده است، خونخواهی او را وظیفه خود می‌دانیم.
اینجانب به امت اسلامی، به جبهه مقاومت، به ملت شجاع و سرافراز فلسطین و بالخصوص به خاندان و بازماندگان شهید هنیه و یکی از همراهانش که با وی به شهادت رسیده است، تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آنان را از خداوند متعال مسئلت می‌نمایم.
سید علی خامنه‌ای
10 مرداد 1403 مصادف با 25 محرم 1446»