رئیس ستاد کل نیروهای مسلح در پیامی به مناسبت عملیات طوفان‌الاقصی نوشت: «طوفان‌الاقصی کابوس فروپاشی رژیم صهیونیستی را برای سران این رژیم به یقین تبدیل و ثابت کرد برخی تلاش‌های مذبوحانه مانند نمایش مضحک روند عادی‌سازی، قادر نخواهد بود روند رو به افول و فروپاشی خانه عنکبوت را کُند یا به تأخیر بیندازد.»
در پیام سردار سرلشکر محمد باقری آمده است: «و [رحمتى‌] دیگر که آن را دوست دارید، یارى و پیروزى نزدیکى از جانب خداست. و مؤمنان را [بدان‌] بشارت ده. عملیات ترکیبی و غرور‌آفرین گروه‌های مبارز فلسطینی تحت عنوان «طوفان‌الاقصی» علیه مواضع و استحکامات رژیم تا بن دندان مسلح صهیونیستی در سرزمین‌های اشغالی، بار دیگر هیبت دروغین و قدرت پوشالی این رژیم اشغالگر را به اثبات رساند. رزمندگان مقاومت فلسطینی در این عملیات غافلگیرانه که از هوا، دریا و زمین علیه مواضع ارتش رژیم صهیونیستی تدارک دیده بودند، صحنه‌های درخشانی از مقاومت و ایستادگی یک ملت رنج‌دیده و تحت ستم را به منصه ظهور نشاندند. ملتی که پس از چند دهه ظلم و ستم تحمیلی، اکنون به پشتوانه نسل جوان باانگیزه و متکی بر اسلام و در سایه اعتماد به وعدهٔ الهی، به چنان قدرتی دست یافته است که تحلیلگران و استراتژیست‌های نظامی جهان را به حیرت واداشته است. اگر روزی انتفاضه سنگ تنها ابزار دفاعی ملت بی‌دفاع فلسطین بود، امروز اما مبارزان فلسطینی به توانمندی و رشدی رسیده‌اند که قادرند در یک عملیات ترکیبی پیچیده، با شلیک هزاران راکت و موشک، ضربات سهمگینی به دشمن صهیونیستی وارد سازند و توان پدافندی و گنبد آهنین او را به تمسخر بگیرند. این جنگ‌افزارهای دفاعی آنگاه که با روحیه شهادت‌طلبی جوانان باانگیزه فلسطینی همراه می‌شود، چنان قدرتی تولید می کند که همچون سیلی بنیان‌کن، هیمنه رژیم صهیونیستی را فرومی‌پاشد. حرکت توفنده طوفان‌الاقصی، محصول خشم مقدسی است که دشمن صهیونیستی نسبت به خود در ملت تحت ستم فلسطین کاشته و اکنون باید درو کند. ضمن تبریک این پیروزی غرور آفرین به مبارزان و مجاهدان فلسطینی، رجاء واثق دارم، دیر نخواهد بود روزی که جوانان فلسطینی، مسجد الاقصی را از اسارت دشمن صهیونیستی آزاد خواهند کرد. این وعده الهی است که ظلم پایدار نخواهد ماند و اراده مردم مظلوم فلسطین بر ظالمان پیروز خواهد شد. بشارت قرآنی «الیس الصبح بقریب» افق روشنی به روی مجاهدان گشوده است.»