اداره کل روابط‌عمومی قوه‌قضائیه در اطلاعیه‌ای پاسخ نامه علی مطهری نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی را داد و عنوان کرد: اظهارات این فرد مصداق نشر اکاذیب بوده و حصر سران فتنه قانونی است.
به گزارش ایسنا، بخشی از متن قوه‌قضائیه به شرح زیر است:
1-ایشان به ریاست قوه‌قضائیه نسبت داده است که گفته‌اند آقای احمدی‌نژاد 2بار درباره رفع حصر نامه نوشته است. پس از استفسار از ریاست محترم قوه‌قضائیه معلوم شد که این نسبت کذب محض است. رئیس محترم قوه‌قضائیه در پاسخ گفته‌اند: «بنده نه به ایشان و نه به هیچ‌کس دیگری چنین مطلبی را نگفته‌ام و اصولا هیچ اطلاعی از چنین نامه‌ای ندارم و وجود آن را نیز بسیار بعید می‌دانم. نامه‌ای که فی‌الجمله بدان واقفم، مربوط به اوایل جریان فتنه و موضوع آن کلا مطلب دیگری است.»
2-علی مطهری در اصل امضای مصوبه شورای امنیت ملی تشکیک نموده و درصدد القا این موضوع است که این مصوبه به امضای رئیس وقت شورایعالی امنیت ملی نرسیده است. آیا استدلالی سخیف‌تر از این می‌توان یافت که در مقابل کسی که خود در جلسه شورایعالی امنیت ملی حضور داشته و ناظر تصویب آن بوده و دیگر مسئولان عالی نظام هم حضور داشته‌اند به حدسیات وهمی خود تکیه کرده و در تصویب آن تشکیک نمایند. آیا جهل کسی در مقابل علم دیگری حجت است؟!
3-مدعی، حصر سران فتنه را با اصول سی و دوم لغایت سی‌و‌هفتم قانون اساسی مغایر دانسته است. این در حالی است که اصول سی‌ودوم و سی‌وسوم قانون اساسی که به ممنوعیت دستگیری، بازداشت و تبعید افراد تصریح نموده، استثنای «مگر به حکم و ترتیبی که قانون معین می‌کند» (در اصل سی‌ودوم) و «مگر در مواردی که قانون مقرر می‌دارد» (در اصل سی‌وسوم) را در نظر گرفته است.
این استنباط که منظور اصول بیست‌ودوم، سی‌ودوم و سی‌وسوم قانون اساسی از استثنای مندرج در آن، قانون عادی است، مغایر با منطوق قانون است؛ زیرا وجهی برای تقیید اطلاق «قانون» در اصول مذکور وجود ندارد.
4-این ادعا که عناوینی مانند «امنیت»، «مصالح ملی» و «مصلحت نظام»، مفاهیمی کشدار و قابل تاویل می‌باشند، موجب نمی‌گردد از استناد به آنها احتراز کنیم، بنابراین به ایشان باید گفت: این عناوین در جای جای قوانین عادی که جنابعالی به‌عنوان تصویب‌کننده آن در مجلس حضور داشته‌اید، به‌کار رفته است. آیا قوه‌قضائیه با استناد به ادعای شما می‌تواند از اجرای این قوانین خودداری کند؟
5-مدعی در مقام نقض بر رئیس قوه‌قضائیه گفته است «با تمسک به این مفاهیم (امنیت، مصالح ملی و مصلحت نظام) شورایعالی امنیت ملی می‌تواند افرادی را غیاباً به حبس‌های طولانی‌مدت و مانند آن محکوم کند ... هر متهمی را تحت عناوین مذکور بدون آن‌که روند قضایی طی شود به حبس و حتی اعدام محکوم کند و این امر یعنی به بازی گرفتن قوه‌قضائیه و قانون اساسی.»
اولاً، در اظهارات آیت‌الله آملی‌لاریجانی چنین اختیاری برای شورایعالی امنیت ملی بیان نشده است؛
ثانیاً، بیان این مطلب از زبان یک نماینده مجلس نشان می‌دهد که: ایشان تفاوت حبس و حصر و اعمال مجازات‌ها را نمی‌داند و بسیار جای تاسف است که نماینده مجلس که باید به ادبیات تقنینی احاطه داشته باشد. شورای عالی امنیت ملی دادگاه نیست که کسی را محکوم به حبس یا اعدام کند.
6-مطهری در ضرورت محاکمه سران فتنه نوشته است «این طبیعی است که هر متهمی می‌خواهد حرف‌هایش را به گوش مردم برساند و این حق اوست» این عبارات نشان می‌دهد که وی از وظیفه ذاتی دادگاه و اصل علنی بودن محاکم تلقی اشتباه دارد؛ زیرا:
اولاً، وظیفه دادگاه دادرسی است نه ایجاد تریبونی برای سخنرانی دیگران و رساندن حرف‌های خود؛
ثانیاً، اصل علنی بودن محاکم که نمودی از نظام دادرسی اتهامی است، با انتشار جلسات دادگاه در رسانه‌ها متفاوت است.
ثالثاً، اصل علنی بودن دادگاه‌ها با سه استثنا مواجه است که یکی از این استثنائات، «مخل امنیت» بودن برگزاری علنی جلسات است.
7-مطهری از عنوان «شورای عالی امنیت ملی» استنباط کرده است که حداکثر اختیار این مرجع، اتخاذ تصمیمات موقت در شرایط بحرانی است. اولاً، تشخیص صلاحیت و اعتبار تصمیمات شورا، نظیر سایر نهادهای مشابه، با خود شورایعالی امنیت ملی است و تشکیک شما یا هر شخص دیگری، چیزی از اعتبار تصمیمات شورا نمی‌کاهد.
ثانیاً، از بند 3 مذکور، ضرورت «بحرانی بودن وضعیت» جهت ورود شورایعالی امنیت ملی، استنباط نمی‌شود و لذا پس از تحقق مصوبه و طی مراحل قانونی آن، لازم‌الاجرا خواهد بود.
8- ادعای مدعی مبنی بر موقت بودن مصوبات شورایعالی امنیت ملی با اصل دوام مقررات و ضرورت تشخیص زمان اجرای مقرره توسط واضع آن مغایر است.