سخنان سید محمد خامنه‌ای در مصاحبه‌اش با خبرگزاری فارس و روایت‌های او از برخی از وقایع اوایل انقلاب و تفاسیری که او از برخی از رخدادها کرده بود، اعتراضات زیادی را برانگیخت. آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نخستین شخصیتی بود که به این سخنان واکنش نشان داد و در نقد تندی به این سوال ایراد کرد. در آن سوی ماجرا نیز حتی روزنامه کیهان در سرمقاله‌ای به سخنان سید محمد خامنه‌ای ایراد وارد دانست. حالا حمید انصاری، مدیر موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (ره)، نیز پاسخ مفصلی به سخنان سید محمد‌خامنه‌ای داده است.
انصاری در گفت‌وگویی با پایگاه خبری جماران با اشاره به سخنان سید محمد خامنه‌ای درباره ماجرای مک‌فارلین، گفت: «مطالب و توهین‌های ایشان در این بخش از جنبه‌های مختلف باید بررسی شود. ایشان مدعی است پیش کشیدن پرونده سید مهدی‌هاشمی نتیجه لو رفتن سفر مک فارلین به ایران و نتیجه توطئه آقای هاشمی و اطرافیان امام برای کنار زدن آقای منتظری به وسیله امام بوده است! اصولا این تهمت مبتنی بر یک خلافگویی آشکار تاریخی است. حضرت امام دو‌سال قبل از انتخاب آقای منتظری به‌عنوان قائم مقام رهبری نسبت به خطرات حضورباند سیدمهدی هاشمی در بیت آقای منتظری هشدار داده بود. برخلاف ادعای گوینده، خبر سفر مک فارلین برای اولین بار در نشریه لبنانی الشراع در تاریخ 12 آبان 1365 منتشر گردید. سیدمهدی هاشمی 22 روز قبل از آن در تاریخ 20 مهر 1365 بازداشت شده بود. دستگیری او مسبوق به اتهامات عدیده و چندین ساله وی بوده است.» انصاری افزود: «متأسفانه باید گفت نسبت ناروایی که جناب آقای سید محمد خامنه‌ای به امام و اطرافیان ایشان براساس یک مطلب خلاف واقع زده است حتی فراتر از مطلبی است که در خاطرات آقای منتظری نوشته‌اند. ولی واقعیت امر با آنچه این دو بزرگوار ادعا کرده‌اند صد و هشتاد درجه متفاوت است. از جویندگان حقیقت خواهش می‌کنم سند قاطع و نکته مهمی را که در ادامه بازگو می‌شود، به دقت توجه کنند. این نکته شاه‌کلید اثبات خلاف بودن اساس تحلیلی است که تهمت یادشده و دیگر نسبتهای ناروایی که در خاطرات و در اظهارات جناب ایشان آمده است که گفته‌اند برکناری آقای منتظری از سوی امام نتیجه توطئه‌ای است برای جانشینی امام که همزمان با دستگیری سید مهدی‌هاشمی در نیمه دوم‌سال 65 بوسیله چند نفر از اصحاب نزدیک امام آغاز شد و هر دو نیز در این تحلیل خلاف واقع، امام خمینی را در این ماجرا در حد وسیله‌ای که تحت‌تأثیر فریب گزارشات دروغ اطرافیان و از روی عصبانیت تصمیم گرفته است معرفی کرده‌اند. از روح امام راحل و فرزند مظلوم و یاران امام به‌خاطر بازگو کردن این افترا و نسبت ناروایی که نقل کردم پوزش می‌طلبم. انصاری در ادامه در توضیح سندی که ادعای سیدمحمد خامنه‌ای را باطل می‌کند گفت: «تاریخ برقراری اولین تماس با دلالان اسلحه و تیم آمریکایی (سرهنگ اولیورنورث) 29 مرداد 1364 بود و سفرمخفیانه مک فارلین در خرداد سال 65 صورت گرفت و چون سفر پنهانی وی در مسیر اقدامات ایران برای تأمین موشکها و قطعات مهم نظامی در دوران جنگ اتفاق افتاد، طبعا خبر آن غیرقابل پخش بود و تاریخ دستگیری سیدمهدی هاشمی قبل از اتشار خبر این سفر (20مهر65) بوده است؛ اما تاریخ سند موردنظر که بطلان تحلیل و تهمت‌های مترتب بر آن را به روشنی اثبات می‌کند 22 تیر‌سال 1362 یعنی سه‌سال قبل از سفر مک فارلین و قبل از دستگیری سید مهدی‌هاشمی است». انصاری افزود: «به هر حال هشدار و نصایح دلسوزانه امام خمینی در پیام به مجلس خبرگان در‌سال 62 ثابت می‌کند این سخن افتراگونه که در اظهارات جناب آقای سید محمد خامنه‌ای آشکارا و در خاطرات منسوب به مرحوم آقای منتظری به‌طور ضمنی آمده است که گفته‌اند سیدمهدی هاشمی قربانی ماجرای سفر مک‌فارلین و لو رفتن خبر آن شد و برکناری آقای منتظری به‌وسیله امام نیز پیامد آن بود از اساس خلاف واقع است. حمید انصاری در ادامه با اشاره به سخنان سیدمحمد‌خامنه‌ای درباره ماجرای مک فارلین گفت: «سابقه انگیزه جناب ایشان از ارایه این تحلیل وارونه از ماجرای سفر مک فارلین و پیامدهای آن که همراه با عباراتی وهن‌آمیز نسبت به حضرت امام می‌باشد کاملا مشخص است. ایشان با بیان این مطالب درصدد است تا تصمیم نابجایی را که در‌سال 65 در اقلیتی 8نفره در دوره دوم مجلس - در زمانی که چهره‌هایی برجسته از یاران امام از هر دو جناح در مجلس حضور داشتند - مرتکب شدند توجیه کند. اگر هوشیاری و سخنرانی کوبنده امام و همراهی اکثریت قاطع مجلس در برابر این اقدام نابجا نمی‌بود جمهوری اسلامی را در اوج زمان جنگ با یک چالش جدی سیاسی مواجه می‌ساخت. مدیر موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) در ادامه درخصوص سخنان سید محمد خامنه‌ای و نسبت‌هایی به امام(ره) و فرزند امام و دیگران نسبت داده، گفت: «متاسفانه در این گفت‌وگو موجی از توهینها و نسبتهای سهمگین نثار آیت‌الله هاشمی رفسنجانی شده است که ناخواسته بسیاری از آنها به امام نیز باز می‌گردد.