معاون تقنینی معاونت پارلمانی ریاست‌جمهوری درباره وضع رابطه بین دولت و مجلس در زمان انتخاب وزیرعلوم در مجلس شورای اسلامی گفت:
هر چقدر که وزرا ازسوی آقای روحانی معرفي می‌شدند و با عدم رأي اعتماد از سوی نمایندگان یا با استیضاح آقاي فرجي‌دانا روبه‌رو می‌شدیم طبيعتا روي ارتباط دولت و مجلس اثر مخرب و منفي مي‌گذاشت.
به گزارش خبرآنلاین، محمدرضا خباز در ادامه تصریح کرده است: آقاي دكتر روحاني با تجربه و حضور 20ساله‌اش در مجلس و به دلیل آن‌که شخصيت سياسي ايشان در مجلس شكل گرفته بود، هرگز مسأله این‌که مجلس در رأس همه امور قرار دارد را فراموش نکرد و به نمایندگان و مجلس احترام گذاشت، يعني مانند دولت گذشته مقابله‌به‌مثل و جبهه‌گيري در مجلس انجام نداد، در غیراین صورت اگر مقابله‌به‌مثل اتفاق می‌افتاد و فضاي مابين دولت و مجلس طوفاني مي‌شد، مدارا كردن ايشان با مجلس بود که درنهایت آخرين کاندیدای وزیر علوم با رأي بالايي در مجلس توانست از نمايندگان رأي اعتماد بگيرد و محبت و مهر بين اين دو قوه را افزایش دهد. وی با رأی 197 رأی توانست بر كرسي وزارت علوم بنشیند که انشاءالله اين كشتي وزارتخانه را كه در گرداب‌ها و تلاطم‌ها قرار داشت ناخدايي كند و به سرمقصد برساند.
نماینده ادوار مجلس درباره علت انتخاب فرهادی از جانب رئیس‌جمهوری گفت: اولين‌بار در طول تاریخ 30 و چند ساله بعد از انقلاب است که براي وزارت علوم 6 نفر را به مجلس معرفی کردند که به ترتیب دكتر توفيقي، دکتر منفرد، دکتر فرجي‌دانا، دکتر نيلي، دکتر دانش‌آشتياني و نفر آخر هم آقاي فرهادي كه توانست رأي اعتماد را از نمایندگان کسب کند. بنده خودم از همان ابتدا به این دلیل که به جو مجلس آگاهی داشتم هرگاه مورد مشورت قرار مي‌گرفتم آقای فرهادی را انتخاب می‌کردم.
معاون تقنینی معاونت پارلمانی ریاست‌جمهوری همچنین گفته است: ايشان با ساير كانديداهاي انتخابي تفاوت بسيار زیادی داشته. در صورتي كه وزراي پيشنهادي قبل از ايشان به ترتيب 70 و 79 و 109 تا رأي داشتند. اولين تفاوتي كه می‌توان بين ايشان، با بقيه قایل شد همان شيخوخيت و جاافتادگي آقاي فرهادي نسبت به سایر وزرای انتخابی دیگر بود. يعني شخصيتي نبودند كه مسئوليت كمي در نظام داشته باشند. دوم این‌که ايشان در دولت‌هاي بعد از انقلاب مسئوليت‌های زیادی داشتند. در دولت‌هاي مقام معظم رهبري، آقایان رفسنجاني و خاتمي دارای سمت بوده و فقط در دولت آقاي احمدي‌نژاد مسئوليتي نداشته‌اند. درحال حاضر هم در دولت آقای روحانی رئیس هلال‌احمر بوده‌اند، بنابراين این مسائل يك اطمينان خاطري را براي نمايندگان به وجود آورد.
وی در ادامه این بحث گفت: وقتي آقاي فرهادي از سوی رئیس‌جمهوری انتخاب شد، خبرگزاري‌هاي مخالف دولت شروع به سمپاشي و تخريب علیه ایشان کردند که خوشبختانه جلوي آنها گرفته شد ولي برای وزراي انتخابی قبل از آقای فرهادی تخریب و بمباران‌ها ادامه داشت. در همان روز اول كه نامه رئيس‌جمهوري در مجلس خوانده شد تا اسم محمد فرهادي در مجلس آمد كلمه چهار چهار از سوی نمایندگان گفته شد. زمانی هم که ما از پله‌هاي هيأت‌رئيسه درحال پايين آمدن بوديم نمايندگان به ما تبريك می‌گفتند و روبوسي مي‌كردند. ما يك‌سال دنبال رأي وزير بودیم. بعضي نمایندگان عقیده داشتند آقای فرهادی بالاي 200 ،250 تا رأي خواهد آورد. محمدرضا خباز در پایان سخنان خود کم‌کاری معاونت پارلماني مجلس در مورد استيضاح فرجي‌دانا و عدم رأی اعتماد نمایندگان به وزرای انتخابی را نفی کرد و گفت: اگر مي‌خواهند جنبه‌های منفي را برعهده ما بگذارند مثبت‌ها را هم باید در نظر بگیرند. مثل همان گل‌هايي که زديم گل‌هايي كه خورديم را قبول مي‌كنيم. ما 16 گل زده‌ايم و 2 تا خورده‌ايم. عده‌اي از بيرون تخريب مي‌كردند و توانستند اين فضا را به وجود آورند. آنها به دنبال اين بودند كه دانشگاه‌ها را مركز فعاليت سياسي موردنظر خودشان قرار بدهند به دلیل این‌که اين وزارتخانه با نسل جوان در ارتباط است برایشان خيلي مهم بود در نتیجه هر دو طيف تلاش كردند كسي كه نگاه اصلاح‌طلبي دارد بر كرسي اين مسئوليت نشیند تا بتواند دانشگاه‌ها را به آرامش نسبي برساند و موجبات رشد كشور را فراهم آورد.