علی مطهری نماینده تهران در نامه‌ای به علم‌الهدی به برخی اظهارات اخیر امام جمعه مشهد انتقاداتی را وارد کرد.
به گزارش خانه ملت، مطهری در بخشی از این نامه آورده است: «فرموده‌اید «کسی حق ندارد نظر مخالف خود را در مقابل نظر رهبری قرار دهد» (نقل به مضمون) گذشته از این‌که این سخن با سیره پیغمبر اسلام و علی علیه‌السلام سازگار نیست و امیرالمومنین در بیان حقوق و وظایف متقابل حاکم و رعیت، از ضرورت نصیحت حاکم توسط مردم در علن و خفا سخن گفته‌اند (النصیحه فی‌المشهد و المغیب) با سیره و نظر رهبر انقلاب نیز همخوانی ندارد. ایشان در دیدار با دانشجویان در جلسه پرسش و پاسخ دانشجویان دانشگاه صنعتی امیرکبیر در۲۲ اسفند ۱۳۷۹ فرمودند: «این که گفتند از رهبری انتقاد نمی‌کنند، شما بروید بگویید انتقاد کنند. ما که نگفتیم از ما کسی انتقاد نکند، ما که حرفی نداریم، من از انتقاد استقبال می‌کنم.» البته بدیهی است که بیان انتقاد باید با حفظ جایگاه و احترام ولی‌فقیه باشد.» نماینده مردم تهران همچنین به بخش دیگری از صحبت‌های علم‌الهدی واکنش نشان‌داد که گفته بود: ‌«خبرگان ناظر به عملکرد رهبری نیستند. خبرگان هم ولو مجتهدند، ولایتی که رهبر بر تمام جامعه دارد، بر فرد خبره هم ولایت دارد. این‌جا بحث نظارت بر عملکرد رهبری نیست، نظارت بر بقای شرایط است، یعنی اگر در این رهبر شرایط سقوط کرد، بنابراین من بیعتم را از این رهبر برداشتم. خبرگان ناظر بر عمل و کارکرد رهبری نیستند بلکه مولاّ علیه هستند.» مطهری در پاسخ به این اظهارات امام جمعه مشهد، نوشته است: «از شما می‌پرسم آیا نظارت بر بقای شرایط می‌تواند بدون نظارت بر عملکرد تحقق یابد. به عبارت دیگر مقدمه نظارت بر شرایط، نظارت بر عملکرد است و مقدمه واجب واجب است. این سخن جنابعالی نه با قانون اساسی سازگار است و نه با نظر مقام رهبری. ایشان می‌فرمایند: من نظارت را دوست می‌دارم و از گریز از نظارت - اگر در کسی و در جایی باشد - به شدت گله‌مندم. خود من هم هرچه بیشتر نظارت کنند خوشحال‌ترم.» در جای دیگر می‌فرمایند: «هیچ کس فوق نظارت نیست، خود رهبری هم فوق نظارت نیست، چه برسد به دستگاه‌های مرتبط با رهبری. بنابراین همه باید نظارت شوند، نظارت بر کسانی که حکومت می‌کنند - چون حکومت به‌طور طبیعی به معنای تجمع قدرت و ثروت است، یعنی اموال بیت‌المال و اقتدار اجتماعی و اقتدار سیاسی در دست بخشی از حکام است - برای این‌که امانت به خرج دهند و سوءاستفاده نکنند و نفسشان طغیان نکند، یک کار لازم و واجب است و باید هم باشد.»
البته علم‌الهدی روز گذشته در حاشیه مراسم چهلم آیت‌الله مهدوی کنی در مشهد، به نامه علی مطهری واکنش نشان داد. به گزارش فارس امام جمعه مشهد تصریح کرد: رهبری خود ولی است و خبرگان هم مولود آن است، اصل قانون اساسی نیز همین است بنابراین خبرگان را تشکیل دادیم برای انتخاب رهبر اما خبرگان تنها ناظر بر شرایط و نه عملکرد است.