سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری گفت: رئیس‌جمهوری با دریافت مجوز از رهبر معظم انقلاب اسلامی حکم سرپرستی‌ام را تمدید کرده است.
به گزارش ایرنا، محمدعلی نجفی روز گذشته در پاسخ به این سوال که برخی رسانه‌ها مدعی شده‌اند شما به‌رغم پایان یافتن مهلت قانونی سرپرستی (در روز پنجشنبه 29 آبان‌ماه) با نامه رئیس‌جمهوری در وزارت علوم حضور یافته‌اید، گفت: رئیس‌جمهوری برای این کار از مقام معظم رهبری مجوز گرفته‌اند.
نمایندگان مجلس در روز 29 مردادماه رضا فرجی‌دانا وزیر سابق علوم، تحقیقات وفناوری را استیضاح و برکنار کردند.  از آن زمان محمدعلی نجفی با حکم رئیس‌جمهوری سرپرست وزارت علوم است، براساس اصل 135 قانون اساسی، مهلت اداره یک وزارت خانه با سرپرست 3 ماه است.
عباسعلی کدخدایی مشاور عالی دبیر شورای نگهبان با بیان این‌که قانون اساسی و تفسیر اصل 135 درباره ادامه سرپرستی وزارتخانه بیش از 3 ماه مسکوت است، گفته بود: این امر، جزو اختیارات ولی فقیه است. شخص رئیس‌جمهوری می‌تواند چنین درخواستی کند، در آن صورت رهبر معظم انقلاب به این موضوع ورود می‌کنند.
کدخدایی تصریح کرده بود: در اصل 135 قانون اساسی تصریح شده است که رئیس‌جمهوری باید برای وزارتخانه‌هایی که سرپرست ندارند، برای مدت 3 ماه سرپرست تعیین کند بنابراین بیشتر از 3 ماه فردی نمی‌تواند سرپرستی این وزارتخانه را برعهده بگیرد.  پس از استیضاح رضا فرجی‌دانا که منجر به عزل وی از مقام وزارت شد روحانی سه گزینه را برای تصدی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری جهت اخذ رأی اعتماد به نمایندگان مجلس شورای اسلامی معرفی کرده است. درحالیکه نمایندگان به محمود نیلی احمدآبادی سرپرست دانشگاه تهران و فخرالدین احمدی دانش‌آشتیانی معاون اسبق وزارت علوم برای تصدی این وزارتخانه رای اعتماد ندادند. پیش‌بینی می‌شود محمد فرهادی وزیر اسبق آموزش عالی و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی که از سوی حجت‌الاسلام حسن روحانی روز چهارشنبه 28 آبان ماه و یک روز قبل از پایان یافتن مهلت قانونی سرپرستی محمدعلی نجفی بر وزارت علوم، معرفی شد بتواند از مجلس رأی اعتماد بگیرد.  قرار است جلسه رأی اعتماد به فرهادی در روز چهارشنبه پنجم آذرماه برگزار شود.
پس از آن‌که با نزدیک شدن به پایان مهلت سرپرستی نجفی بر وزارت علوم مجلس به هیچ‌کدام از دو گزینه دولت رأی اعتماد نداد برخی حقوقدانان و نمایندگان مجلس تنها راه ادامه سرپرستی نجفی بر وزارت علوم، تحقیقات و فناوری را دریافت حکم حکومتی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای از سوی رئیس‌جمهوری عنوان کرده بودند.