نیشابور همان شهری بود که سده‌ها بعد، خواجه شمس‌الدین محمد جوینی، وزیر و مورخ بزرگ عصر ایلخانان در تاریخ خود، جهانگشای جوینی، آن را عروس شهرهای خراسان خوانده بود. رخدادهایی که بر نیشابور رفت اما کاری کرد این شهر تا سده‌های پیاپی روی آبادانی نبیند و بستر جغرافیایی‌اش جابه‌جا شود. غزها از دستجات ترکان در اواخر دوران سلجوقیان، آرامش و امنیت را از مردم خراسان به‌ویژه نیشابور گرفتند. کشتار دهتشناک آنها از مردم نیشابور که از ترس به مسجد پناه برده بودند از کشتارهایی است که روح حاکم بر شهر بزرگ آن روزگار را با غم و رنج گره زد. خاقانی شاعر هم‌دوره این رخدادها در دیوان خود درباره این حادثه غمگنانه اینگونه سروده است «آن مصر مملکت که تو دیدی خراب شد/ و آن نیل مکرمت که شنیدی سراب شد... سرو سعادت از تف خذلان ز کال گشت/ و اکنون بر آن ز کال جگرها کباب شد... از سیل اشک بر سر طوفان حادثه/ خوناب قبه‌قبه بشکل حباب شد».
هجوم غزان تا جایی پیش رفت که سلطان سنجر سلجوقی به اسارت آنها درآمد. بزرگان خراسان در این هنگام، رکن‌الدین محمود خاقان خواهرزاده و ولیعهد سنجر را از سمرقند به خراسان خواندند. آنها خواجه کمال‌الدین از بزرگان خراسان را به رسالت نزد او فرستادند. انوری ابیوردی قصیده‌ای سرود و به وسیله خواجه به محمود خاقان فرستاد؛ قصیده‌ای که در آن به روشنی وضع مردم خراسان و روزگار غم‌بارشان را تصویر کرده است. انوری در این شعر از خاقان کمک می‌خواهد «هر که پایی و خری داشت بحلیت بگریخت/ چه کند مسکین آنرا که نه پایست و نه خر... رحم کن رحم بر آن قوم که جویند جوین/ از پس آن‌که نخورندی از ناز شکر... رحم کن رحم بر آنها که نیابند نمد/ از پس آن‌که ز اطلستان بودی بستر... رحم‌کن رحم بر آن قوم که نبود شب و روز/ در مصیبتشان جز نوحه‌گری کار دگر».
امیر معزی نیشابوری در سده ششم هجری درباره ویرانی نیشابور اینگونه سروده است «آنجا که بود آن دلستان با دوستان در بوستان/ شد گرگ و روبه را مکان شد جغد و کرکس را وطن». حملات غزان به نیشابور، بدین‌سان زندگی را در این شهر غیرممکن ساخت. آنها در حمله‌ای شهر را به آتش کشیدند. مردم ناچار از شهر بیرون رفتند و پس از مدتی همدلانه و با حسرت و آه از دست رفتن شهر آبادان‌شان، در مکانی دیگر در نزدیکی شهر قدیم خانه‌های خود را از نو بنا کردند.
عده‌ای در این میانه سخت برای نگه‌داشتن آثار آبادانی و علم و فرهنگ شهر
دل می‌سوزاندند. آنان امید داشتند شکوه گذشته بازگردد. ازجمله خبر داریم فردی متدین کتابی را با نام «الصناعتین در علم فصاحت و بلاغت» که از قتل و غارت دارالکتب جامع منیعی به دست‌اش افتاده بود نگه داشت تا با برپایی دوباره کتابخانه بدانجا بسپارد. کتاب در اصل وقف کسی بر این کتابخانه بوده و فرد متدین خرید و فروش آن را منع کرده است. این مهم را از دستخط او در پشت کتاب می‌دانیم. این کتاب ارزشمند امروزه در کتابخانه و موزه آستان قدس رضوی نگهداری می‌شود. نیشابور در عهد مغولان نیز از آسیب در امان نماند. در این زمان نیز قتل، غارت، ناامنی، قحطی و بیماری بر زندگی مردم سایه انداخت. بر اثر کشته‌شدن داماد چنگیز در نیشابور، سخت‌گیری خان مغول بر نیشابوریان شدت گرفت. قتل و غارت مغولان در این شهر شعله زندگی را خاموش کرد. این وضع تا سال‌های حاکمیت غازان‌خان ایلخان ادامه یافت. باز هم شاعری در این میانه قلم برمی‌گیرد و خرابی‌های شهر نیشابور و رنج مردمش را به غازان‌خان می‌نویسد. این بار سیف فرغانی است که می‌سراید «ای صبا با دم من کن نفسی همراهی/ بسوی شاه بر از من سخنی گر خواهی... شیر چون گربه در این ملک کند موش شکار/ بهر نان گر نکند نزد سگان روباهی ... سرورانی که بهر گرسنه نان می‌دادند/ استخوان جوی شده همچو سگ درگاهی». غازان‌خان و سلطان ابوسعید دو حکمران سال‌های پایانی دوران ایلخانان در ایران، شهرهای خراب خراسان را تا اندازه‌ای به آبادانی رساندند. آنها مردم گوشه و کنار را فراخواندند تا به شهر خود بازگردند و مزرعه‌ها و زمین‌ها را آباد کنند. مردم نیشابور در اثر سیاست‌هایی که در این دوران پی‌گرفته شد به یاری هم شهر جدید خود را در شمال و غرب شهر قدیم بنا کردند.