برداشت سنگ‌آهن، سنگ مس و بوکسیت (ماده‌ اولیه‌ آلومین/ سنگ آلومینیوم)، محیط‌زیست کوهستان شاهوار را در معرض نابودی قرار داده است. توسعه معدن در حد استخراج سالانه 370‌میلیون تن سنگ‌آهن و بوکسیت موجب تخریب محیط‌زیست منطقه شده است. برداشت بوکسیت از این کوهستان با توجه به هزینه‌هایی که به محیط‌زیست وارد می‌سازد هیچ توجیه اقتصادی ندارد. در سند چشم‌انداز بیست ساله آمده که در توسعه صنعت آلومینیوم کشور باید به ظرفیت برداشت 1.5 تن برسد که با توجه به مقدار مواد اولیه در منطقه امکانپذیر نیست. ذخایری که در کشور وجود دارد اصلا جوابگوی این مقدار برداشت نمی‌تواند باشد. به دلیل برداشت سالانه 200هزار تن سنگ قطعا محیط‌زیست کوهستان شاهوار تخریب می‌شود. صداهای انفجاری که پی‌درپی در دل کوهستان شنیده می‌شود زندگی در حیات‌وحش را به خطر می‌اندازد. همچنین فعالیت معدن‌کاوی باعث شده که ذخایر طبیعی آب آلوده شود. کوهستان شاهوار بلندترین قله زاگرس شرقی است که تامین‌کننده آب کشاورزی منطقه است. اساسا معدن‌کاری سنگ بوکسیت در ایران با توجه به قیمت جهانی آن و به دلیل هزینه‌های زیست‌محیطی، به‌ویژه در جایی مانند شاهوار با ذخیره‌ نسبتا کم آن، توجیه اقتصادی ندارد و بهتر است که آلومین وارد شود تا آن تبدیل به شمش آلومینیوم شود. برای توسعه این معدن ماشین‌آلات کوه‌کن شیب‌های تند این کوهستان را برای احداث جاده و معدن کنده است. درواقع سر و صدای این ماشین‌ها و رفت‌وآمد پیاپی کامیون‌های سنگین، رانش دامنه‌ها، فرسایش سنگین خاک، ریخت‌وپاش زباله و روغن موتور و گازوییل و آلودگی و تخریب سرچشمه‌ها، در بخش گسترده‌ای از کوهستان به چشم می‌خورد. معمولا معدن‌کاری در کوهستان‌ها باعث آلودگی چشمه‌ها و رودخانه‌هایی می‌شود که مسیرشان از داخل روستاهاست. رودخانه‌هایی که بسیار آلوده هستند و می‌توانند سلامت انسان‌ها را به خطر بیندازند.