ماهیت لایحه برنامه هفتم در کمیسیون تلفیق با تغییرات اساسی روبه‌رو شده است، به نحوی که حجم احکام دولت در مجلس سه برابر شد. از این مجموعه در کمیسیون تلفیق، ۱۰۶ حکم حذف، ۲۴۳ حکم اصلاح، ۳۷۷ حکم بدون تغییر و ۹۹۱ حکم جدید در قالب مواد مختلف الحاق شد.
کمیسیون تلفیق مجلس در مصوباتی خارج از قاعده، بالغ‌بر ۱۶۰۰۰هزار میلیارد تومان (۱۶هزار همت) به هزینه‌های برنامه افزوده و ۳۰۰۰ همت هم از درآمدهای آن کاسته و به این ترتیب حدود ۲۰هزار همت کسری به آن تحمیل کرده است.
لایحه برنامه هفتم توسعه در مرحله بررسی و اعمال تغییرات در مجلس شورای اسلامی متوقف است. این لایحه با ۱۱۸ ماده (مشتمل بر ۷۲۶ حکم) تقدیم مجلس شورای اسلامی شد که از این مجموعه احکام در کمیسیون تلفیق مجلس شورای اسلامی، ۱۰۶ حکم حذف و ۹۹۱ حکم جدید در قالب مواد مختلف الحاق شد.
برخی از مهم‌ترین اشکالات مصوبه کمیسیون تلفیق برنامه هفتم عبارت است از:
۱ – حذف یا بی‌اثر کردن بخش عمده‌ای از اصلاحات ساختاری مورد نیاز دولت در حوزه‌های مختلف(حذف ۳۵ حکم ساختاری)
۲ – الحاق ۱۱۸ حکم بدون بررسی‌های لازم به‌صورت یکجا و کلی
۳ – تحمیل بار مالی بالغ‌بر ۱۶۰۰۰هزار میلیارد تومان (همت) براساس برآورد اولیه، برخلاف اصل ۷۵ قانون اساسی
۴ – کاهش درآمدهای پیش‌بینی‌شده توسط دولت، بالغ‌بر ۳۰۰۰هزار میلیارد تومان(همت)
۵ – ایجاد ساختارهای اداری جدید و گسترش تشکیلات دولت (ایجاد بیش از ۱۵ سازمان و نهاد دولتی جدید) مغایر با بند ۲۵ سیاست‌های کلی برنامه هفتم
۶ – ایجاد نظامات اداری و استخدامی بدون توجه به اصل عدالت
۷ – حجم تغییرات به گونه‌ای است که متن مصوب کمیسیون سنخیتی با لایحه تقدیمی دولت ندارد.
۸ – این تغییرات رویکرد مسئله‌محوری و حل مسئله را تغییر داده و ایجاد ثبات اقتصادی، مهار تورم و رشد تولید را مشکل کرده است.
۹ – متن مصوب کمیسیون، لایحه را به یک برنامه غیرعملیاتی تبدیل کرده که همانند برنامه‌های قبلی، بخش عمده آن در طول برنامه قابلیت اجرا نخواهد داشت.
۱۰ - تغییرات ایجادشده، خصوصا مواردی که سهم یا درصد مشخصی از بودجه برای دستگاه یا موضوع خاصی معین شده، علاوه بر مغایرت با قانون اساسی و سیاست‌های کلی نظام، خلاف اصول بودجه‌ریزی بوده و راه را برای اعمال هرگونه اصلاحات ساختاری در بودجه خواهد بست. یکی از اصلاحات اساسی در بودجه، درج تمام منابع و مصارف دولت در سقف بودجه سنواتی است، اما «احکام تکلیفیِ درصدی» در قوانین بالادستی همیشه مانع اجرای این مهم شده است. سهم‌خواهی از بودجه به همه ذی‌نفعان تسری پیدا کرده و هر دستگاهی سعی دارد سهم مشخصی از بودجه را در قوانین بالادستی برای خود تثبیت کند.
۱۱ – در موارد متعدد وظایف و اختیارات جاری و ذاتی دستگاه‌ها و وزارتخانه‌ها مجددا به‌صورت حکم قانونی برنامه انشا شده است.
۱۲ - در تعیین اهداف کمی ضمن افزایش تعداد اهداف، تکالیف مالایطاق اعم از بار مالی یا تناسب با منابع پایه موردنیاز(آب، انرژی و...) یا زیرساخت‌های سخت‌افزاری و نرم‌افزاری تعیین شده است که موجب کاهش امکان تحقق‌پذیری برنامه می‌شود. تغییرات ایجادشده در اهداف کمی فصول برنامه فراتر از بنیه مالی و توان اقتصادی کشور است.
۱۳ - مقرر بود برنامه هفتم برخلاف برنامه‌های قبلی «مسأله‌محور» باشد، در حالی که عملا با تغییرات اعمال‌شده با «برنامه جامعی» مشابه قوانین برنامه قبلی مواجه هستیم.
۱۴ - مقرر بود برنامه هفتم بر مسائل اصلی کشور که در سیاست‌های کلی برنامه تعیین شده است، متمرکز شود، در حالی که احکام ناظر به مسائل مذکور از محتوا خالی شده و تمرکز مورد نظر از بین رفته است.
۱۵ - مقرر بود برنامه هفتم صرفا ناظر به توسعه کشور براساس سیاست‌های کلی باشد و سهم‌خواهی بودجه‌ای جز در یک مورد مشخص(تقویت بنیه دفاعی) در برنامه منظور نشود، در حالی که برخلاف این اصل مهم، در مصوبات کمیسیون تلفیق برای قوه‌قضاییه، وزارت آموزش‌وپرورش، سازمان صداوسیما و وزارت راه‌وشهرسازی هم سهم از بودجه تعیین شده است. همچنین تغییر ساختارها و نظامات اصلی کشور در مغایرت با قانون اساسی و مسئولیت‌های قانونی قوای مختلف صورت گرفته است، از جمله، اصرار به مستثنی‌شدن قوه قضاییه از قوانین و مقررات اداری، استخدامی، مالی و معاملاتی حاکم بر دستگاه‌ها برخلاف اصل(۱۲۶) قانون اساسی و تغییر در ترکیب کمیسیون‌های داخلی هیأت وزیران که مصداق بارز نقض اصل تفکیک قواست. همچنین برخی احکام اجرا نشده و غیر قابل اجرای قانون برنامه ششم توسعه عینا تنفیذ شده است.
۱۶ - قریب به اتفاق احکام الحاقی کمیسیون ناظر به ایجاد و افزایش هزینه‌هاست و نه‌تنها بخشی از احکام درآمدی حذف شده، بلکه هیچ حکم موثری برای خلق و شناسایی منابع جدید برای تحقق برنامه‌ها و حل مسائل کشور تصویب نشده و اغلب احکام ناظر به منابع در لایحه دولت نیز حذف شده است.
به نظر می‌رسد با عنایت به موارد فوق، با تصویب این لایحه به ترتیبی که در کمیسیون تلفیق نهایی شده است، نه‌تنها اهداف پیش‌بینی‌شده تحقق نخواهد یافت، بلکه ناترازی‌های کشور به‌ویژه ناترازی و کسری بودجه تشدید خواهد شد و نهایتا دولت را در دوگانه مخرب عدم‌اجرای برنامه یا اجرای برنامه از طریق افزایش حجم نقدینگی و به تبع آن ایجاد تورم قرار خواهد داد که در هر دوحالت این موضوع به ضرر مردم و کشور خواهد بود. برنامه مصوب کمیسیون تلفیق بودجه مجلس، عملا فاقد ماهیت برنامه پنج‌ساله است و با اجرای آن، اهداف مندرج در سیاست‌های کلی برنامه ابلاغی مقام معظم رهبری(مدظله‌العالی) به‌خصوص پیشرفت اقتصادی با نرخ رشد متوسط ۸درصدی، ثبات در سطح عمومی قیمت‌ها، تک‌رقمی کردن تورم و اصلاح ساختار بودجه محقق نخواهد شد.
ماهیت تغییرات و الحاقات کمیسیون نسبت به لایحه عمدتا به نحوی است که از یک‌سو به‌شدت به توقعات گروه‌های مختلف جامعه دامن می‌زند و از سوی دیگر، با توجه به بار مالی بی‌سابقه و غیرقابل تامین آن، پاسخگویی به این توقعات امکان‌پذیر نبوده و موجب ناترازی بودجه، نارضایتی عمومی، تورم شدید، سلب اختیارات قانونی دولت در دو سال پایانی و در نتیجه بی‌اثر‌شدن دستاوردهای نظام و تهدید برای امنیت کشور خواهد شد.