سازمان زندان‌ها در ادامه رویکردهای تحولی در این مجموعه، بخشنامه‌ای را صادر کرده است که متضمن تقویت حقوق زندانیان و بازداشت‌شدگان و رعایت جنبه‌های اسلامی، اخلاقی و انسانی در برخورد با آنان است.
این دستورالعمل در قالب ۸ بند، به بیان حقوق متهمان از جمله موارد زیر پرداخته است:
ممنوعیت انگشت‌نگاری، بازرسی بدنی بدون لباس و پذیرش زندانی دارای بیماری حاد
در بند اول این ابلاغیه، با اشاره به اینکه هیچ متهمی نباید بدون برگه قرار کتبی معتبر در زندان یا بازداشتگاه‌ها پذیرش شود، تکلیف شده که باید امکان تماس تلفنی متهم در اسرع‌وقت با خانواده و وکیل وی به‌صورت رایگان و شبانه‌روزی در ۴۸ ساعت اولیه ورود فراهم شود. همچنین مسئولان زندان موظف به نظارت بر عملکرد رفتار ضابطین با زندانیان و صورتجلسه و گزارش کردن موارد خلاف (نظیر استخفاف متهم، ضرب‌وجرح، بستن چشم یا سروصورت متهم و…) شده‌اند.
لزوم طبقه‌بندی بازداشت‌شدگان و اعمال نظارت‌های سرزده بر بندها
در بند دوم دستورالعمل جدید سازمان زندان‌ها، به بحث ضرورت طبقه‌بندی زندانیان و حتی تفکیک زندانیان جوان از زندانیان بزرگسال پرداخته شده است.
ممنوعیت شکنجه، رفتار تبعیض‌آمیز، اعمال سلیقه براساس نوع، جنس و سطح تمکن مالی زندانی
در بند دیگر این بخشنامه هرگونه شکنجه یا رفتار غیرانسانی و تحقیرآمیز و هرگونه تبعیض‌ناروا و اعمال سلایق شخصی و خودسرانه بر پایه نژاد، جنس، زبان، مذهب، باورهای سیاسی یا تمکن مالی، ممنوع است.
ممنوعیت تندخویی، دستبند و پابند و کوتاه کردن موی سر و صورت
ارتکاب رفتارهای سوء از قبیل تندخویی ، رفتار و گفتار موهن و هرگونه آزار و شکنجه روانی و جسمی زندانیان و متهمان بازداشتی، مطلقا ممنوع بوده و موجب پیگرد انضباطی، انتظامی و کیفری خواهد بود.
تسهیلات ویژه برای زندانیان زن، زنان باردار، مادران و اقلیت‌های دینی
در ادامه این بند ضمن تاکید بر رعایت عدالت در شیوه و نحوه توزیع و نوع غذا برای متهمان، تسهیلاتی برای زنان باردار، مادران و زندانیان بیمار در نظر گرفته شده، به‌گونه‌ای که مسئولان زندان را مکلف ساخته: زندانیان بیمار، زنان باردار، طفل شیرخوار و مادر وی تحت رژیم خاص غذایی قرار بگیرند.
ضرورت فراهم‌سازی ملاقات با خانواده و وکیل
بند دیگر دستورالعمل یادشده در خصوص لزوم تمهید برای ملاقات زندانی با اعضای خانواده خود به‌صورت خصوصی و هفتگی است. همچنین در ادامه این بند آمده است: ملاقات وکیل دادگستری با موکل زندانی با ارایه وکالتنامه رسمی به رئیس بازداشتگاه یا مسئول ملاقات و در صورت امکان در اتاق مخصوص و مجزا از محل ملاقات عمومی انجام می‌شود.
ممنوعیت استفاده از پابند برای متهمان اعزامی به‌ویژه افراد زیر 18 سال
ابلاغیه مذکور در بخشی دیگر به برشمردن حقوق متهمین در حین اعزام به خارج از زندان پرداخته و تصریح کرده: در حین انتقال یا اعزام به خارج از بازداشتگاه، استفاده از « پابند» ممنوع است؛ مگر برای متهمان و زندانیان مربوط به جرایم خشن یا در مواقع ضروری به تشخیص توأمان رئیس یا معاون بازداشتگاه و فرمانده یگان حفاظت یا مسئول واحد اعزام؛ چنین مواردی نیز باید در پایان هر ماه به قاضی ناظر زندان گزارش شود.
ممنوعیت اجبار استفاده از پوشش چادر برای زنان؛ تسهیلات برای متهمان سیاسی و مطبوعاتی
این ابلاغیه در ادامه نیز تسهیلاتی برای بانوان و محکومان جرایم سیاسی و مطبوعاتی قائل شده و تصریح کرده است: در موارد اعزام به خارج از زندان، الزام زنان به استفاده از چادر یا الزام متهمان جرایم سیاسی و مطبوعاتی، متهمان جرایم مالی (حقوقی) و افراد زیر هجده سال تمام شمسی به پوشیدن لباس متحدالشکل زندان، ممنوع است.
تبیین حقوق زندانیان انفرادی
از جمله دیگر بندهای مبسوط دستورالعمل سازمان زندان‌ها، تبیین و احصای حقوق متهمان در بند انفرادی یا حین جداسازی آنان است.
تبیین حقوق متهمان از حیث اطلاع‌رسانی و ارایه شکایات
در ادامه دستورالعمل مزبور، به حقوق متهمان و محکومان و نیز خانواده آنان برای دسترسی و اطلاع‌رسانی به مراجع نظارتی اشاره شده است.
نظارت فراگیر بر عملکرد زندانبانان و لزوم نصب منشور حقوق زندانیان در تمامی بندها
بند انتهایی ابلاغیه مذکور نیز به نحوه نظارت بر بازداشتگاه‌ها پرداخته و در آن ، انواع حقوق متهمان و محکومان در این زمینه برشمرده شده است.