یکی از موضوعاتی که همیشه سوال‌برانگیز بوده، تفاوت کیفیت آب تهران با سایر شهرهاست که معمولا دلایل متفاوتی برای آن مطرح می‌شود. مدیر کنترل کیفیت و بهداشت آب و فاضلاب و آزمایشگاه‌های استان تهران در این‌باره می‌گوید: «تفاوت مربوط به کیفیت منابع تأمین‌کننده آب آشامیدنی است.»
مهتاب باغبان به ایسنا توضیح داده است: «برخی از سازمان‌ها و نهادها که اغلب فعالیت صنعتی دارند، روی کیفیت منابع آب تأثیر می‌گذارند و باید فرآیندها به‌گونه‌ای تبیین شود که کیفیت منابع آب حفظ شود.»
مدیر کنترل کیفیت و بهداشت آب و فاضلاب و آزمایشگاه‌های استان تهران ادامه داد: «طبق اعلام سازمان بهداشت جهانی، زمانی که کیفیت یک منبع از بین می‌رود، دیگر نمی‌توان از آن منبع استفاده کرد، چراکه اگر آب به لحاظ کیفی از دست برود، در واقع از لحاظ کمی نیز آب را از دست داده‌ایم.»
باغبان، وزارتخانه‌های نفت، جهاد کشاورزی، صنعت، معدن و تجارت و نیرو را نهادهای تأثیرگذار در کیفیت آب دانست و افزود: «سازمان حفاظت محیط‌زیست، وزارت کشور و وزارت بهداشت سازمان‌های ناظر در کیفیت آب هستند که در واقع برای حفظ کیفیت آب باید تمام این سازمان‌ها و نهادها با یکدیگر همراه باشند تا بتوانیم کیفیت آب استاندارد را در تمام کشور شاهد باشیم.»
او همچنین توضیح داده است که با توجه به شرایط آب و هوایی به‌طورکلی مناطق فلات مرکزی ایران شامل استان‌های قم، یزد، کرمان، سمنان، خراسان‌جنوبی، خراسان‌رضوی، سیستان‌وبلوچستان، هرمزگان و بوشهر به صورت طبیعی با بالابودن میزان عامل کل جامدات محلول (شوری) به دلیل پایین‌بودن میزان بارندگی مواجه هستند و در شهرهای جنوبی استان خوزستان به دلیل برخی تغییرات در الگوهای آب و هوایی که شکل خشکسالی بروز کرده و همچنین توسعه ناپایدار در استفاده از رودخانه کارون در سال‌های اخیر با مشکلات زیادی مواجه شده است.