نامه منتقدانه آیت الله یزدی، رئیس جامعه مدرسین و محققین حوزه علمیه به حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی، از مراجع عظام تقلید بازتاب بسیاری در جامعه داشته است. بسیاری این نامه را نامناسب ارزیابی کرده‌اند و عده‌ای آن را بی‌احترامی به مرجعیت شیعه برشمرده‌اند.
این نامه بعد از دیدار آیت‌الله شبیری زنجانی با برخی بزرگان اصلاح طلب از جمله آقایان موسوی خوئینی‌ها، عبدالله نوری، کرباسچی، معادیخواه و رئیس دولت اصلاحات نوشته و منتشر شد. در متن نامه آمده بود: «با احترام؛ ضمن عرض ارادت و تسلیت ایام اربعین سید و سالار شهیدان حضرت اباعبدالله الحسین(علیه السلام)، پیرو انتشار تصاویری در فضای مجازی از حضرتعالی در کنار برخی افراد مسئله دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری احترامی قائل نیستند؛ بدین وسیله به عرض می‌رساند، این موضوع ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان را در پی داشته است...مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمائید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.» یکی از اولین کسانی که به این نامه واکنش نشان داد سیدعباس صالحی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی بود. او در توییتر خود نوشت: «مرجعیت پشتوانه حفظ هویت شیعی است. مواظب باشیم مراجع پاک زیست را با تابلوی دغدغه مقدس حفظ نظام موهون نکنیم و میراث تاریخی تشیع را به تاراج نسپریم.» علی مطهری نایب رئیس مجلس هم در متنی که لحن تندتری داشت، نوشت:« مقام و احترام یک مرجع تقلید صرفاً در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم نیست، بلکه بیشتر بستگی دارد به رفتار او در مقابل آن نظام که کارهای درست آن را تأیید کند و از کارهای نادرست آن انتقاد و از حقوق مردم دفاع کند. اصل ولایت فقیه در نگاه امام (ره) و شهید مطهری و رهبری به این معنی نیست که سایر مراجع نادیده گرفته و احیاناً سرکوب شوند.» در ادامه نامه او آمده است:«این جمله را که به این مرجع عالیقدر دستور می‌دهید «این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد» از چه موضعی می‌فرمایید. این جمله را فقط امام زمان علیه‌السلام می‌تواند به یک مرجع تقلید بگوید در مجموع، نامه شما موجب وهن روحانیت و حوزه علمیه شد. امیدوارم به نحوی جبران بفرمایید.» اما انتقادات به نامه آیت‌الله یزدی وقتی جدی‌تر شد که آیت‌الله‌عندلیب همدانی از اعضای شورای عالی جامعه مدرسین در واکنش به این مسأله استعفا داد. این در حالی بود که بعضی از اعضای جامعه مدرسین نامه آیت‌الله یزدی را معمولی ارزیابی کردند و گفتند چنین لحنی بین حوزویان تازه و غیر طبیعی نیست.
اما برای مثال آیت الله هادوی تهرانی درباره نامه به مرجعیت شیعه نامه‌ای نوشت که با انا لله و انا الیه راجعون آغاز می‌شود:«بسم الله الرحمن الرحیم. إنّا لله وإنّا إلیهِ رَاجعُون. خبر ناگوار نامه سرگشاده یکی از شخصیت های باسابقه حوزوی به یکی از مراجع بزرگ تقلید، در عین ناباوری و حیرت، موجب نهایت تأسف و تأثر گردید. بی شک، چنین ادبیاتِ دور از ساحت ادب، دل صاحب حوزه های علمیه، حضرت ولی عصر عجل الله تعالی فرجه الشریف، را در این ایام حزن آل الله علیهم السلام، رنجاند و آن عزیز سفر کرده را که صد قافله دل همره اوست، آزرده خاطر ساخت. به راستی با وجود چنین رویکردی از سوی یک فرد کهن‌سال در حوزه علمیه قم، چه توقعی از طلاب تازه کار در زمینه رعایت ادب و ادبیات حوزوی می توان داشت؟! سزاوار است جامعه محترم مدرسین به جبران این لغزش کم‌نظیر به دست بوسی مراجع معظم تقلید به ویژه مخاطب نام آشنای این نامه شتافته و بی‌هیچ تردیدی از تمامی حوزه‌های علمیه به ویژه مراجع معظم تقلید و بالأخص رهبر عزیز انقلاب که همواره حامی صیانت از جایگاه رفیع مرجعیت بوده و هستند، عذرخواهی شایسته کنند.»
از میان چهره‌های سیاسی واکنش علی شکوری‌راد، دبیرکل حزب اتحاد ملت به نامه آیت الله یزدی به آیت الله العظمی شبیری زنجانی قابل توجه بود. شکوری‌راد در توییتر خود نوشت:«حضرت آیت‌الله یزدی! شما به خوبی مقام علمی، اخلاقی و مرجعیت آقای شبیری زنجانی را می‌دانید. این نوع حرمت‌شکنی حریمی را باقی نمی‌گذارد و از کسی در مقام شما بعید است. آنکه در دفاع از او چنین کرده‌اید از این کار شما ناخشنود است. خداوند توفیق جبران به شما عنایت فرماید.»
آیت الله حسین موسوی تبریزی هم خواستار عذرخواهی رئیس جامعه مدرسین از مقام مرجعیت و جبران این اشتباه شد و گفت: «چنین اظهارنظرهایی که در آن خط مرز برای مرجعیت تعیین می‌شود، هتک حرمت به مرجعیت شیعه بوده و بدعت‌گذاری است.» به گزارش شفقنا، رئیس مجمع محققین و مدرسین حوزه علمیه قم در یادداشتی که برروی پایگاه اطلاع رسانی مجمع قرار گرفت، آورده است: «نگارش این نامه از سوی آیت‌الله محمد یزدی باعث تعجب است تا جایی که من باور نمی‌کنم این نامه نوشته ایشان باشد که اگر باشد، اصلا کار درستی نبوده و نشان از بی‌توجهی این افراد به جایگاه مرجعیت شیعه است.» هنوز چهره‌های نزدیک به اصولگرایان و حامیان شاخص آیت‌الله یزدی درباره نامه اظهارنظری نکرده‌اند و به نظر می‌رسد دفاع از متنی که یک مرجع عالیقدر شیعه را مورد هجمه قرار داده برای کسی راحت نباشد. باید دید رئیس اسبق قوه قضائیه در برابر موج انتقادات چه پاسخی خواهد داد و چگونه از نامه خود دفاع خواهد کرد.