از صبح روز دوم با مساعدت نیروهای امدادی حمل‌ونقل مجروحان و مصدومان به‌وسیله هلی‌كوپترهای هلال احمر و هواپیماهای نیروی هوائی ارتش، سپاه پاسداران و هواپیمایی كشوری آغاز شد و حدود چهارده‌هزار مصدوم و مجروح از منطقه خارج شدند خروج حجم زیاد مجروحان و انتقال آنها به مراكز درمانی شهرهای دیگر مشكلات جدیدی بوجود آورد كه قابل پیش‌بینی نبود.
انتقال مجروحان و مصدومان بدون هماهنگی به بیمارستان‌های شهرهای دیگر مسئولان بیمارستان‌ها را دچار غافلگیری و بحران كرد. خیلی از این مجروحان و مصدومان زخم‌های سطحی داشتند و پس از بهبودی برای بازگشت دچار مشكل می‌شدند.
بازماندگانی كه عزیزان‌شان انتقال یافته بودند نگران شده و مرتب سوال می‌كردند.
اگر نیروهای درمانی به سرعت در منطقه مستقر می‌شدند احتیاج به خروج این تعداد از مصدومان و مجروحان نبود و بررسی‌های بعدی نشان داد كه فقط حدود دو‌هزار نفر از این مصدومان نیاز به خروج از منطقه داشتند. در روز دوم سالن ورزشگاه هلال احمر تجهیز و به یك مركز درمانی تبدیل شد و كار درمانی با مسئولیت دكتر صالحی كه معاونت درمان و توانبخشی جمعیت بودند، در آن آغاز شد، و از روز سوم و چهارم نیروهای درمانی خارجی نیز وارد بم شدند، این نیروها عملا نقش مهمی‌در كمك‌رسانی به مصدومان و مجروحان پس از حادثه نداشتند، اما بعدها كه یك بیمارستان صحرایی توسط فدراسیون بین‌المللی صلیب سرخ و هلال احمر و جمعیت هلال احمر جمهوری اسلامی ایران دایر شد كه تا مدت‌ها به بازماندگان حادثه خدمات درمانی و پزشكی ارایه می‌كرد.
حضور معاون اول ریاست جمهوری وقت در منطقه منجر به اتخاذ یك تصمیم ضروری ولی نابهنگام شد. براساس این تصمیم مقرر گردید ادامه عملیات بحران در منطقه بم توسط سپاه پاسداران و منطقه بروات توسط ارتش مدیریت شود. نظر به اینكه نهادهای مذكور ساختار و برنامه از پیش تعریف شده‌ای برای چنین مواردی نداشته و تمرین و مانوری نیز با سایر سازمان‌ها در این رابطه صورت نگرفته بود این تغییر و تصمیم تا مدتی روند عملیات پاسخگویی را با مشكل مواجه كرد. گرفتن تصمیمات اقتضائی در شرایط بحرانی مستلزم وجود سناریوی جایگزین از پیش طراحی شده و تمرین شده است در غیر این‌صورت بحران تشدید شده و بعضا غیر قابل كنترل می‌گردد. در آن شرایط ضرورت باز مهندسی طرح‌های مدیریت و مقابله با بحران‌های ناشی از حوادث موجود برای تصمیم‌سازان و تصمیم‌گیران كشور كاملا محسوس شد.
تا نیروهای كمكی به بم رسیدند آشفتگی‌های زیادی بوجود آمد، ازدحام و شلوغی در جاده‌های اطراف بم به حدی بود كه بسیاری از كمك‌ها به بم نمی‌رسید و به‌وسیله افراد متفرقه غارت می‌شد. در این میان یك كامیون حامل البسه‌های امدادی در بین راه ربوده شد و بعدها از این لباس‌ها سوءاستفاده‌های فراوانی به‌عمل آمد. با همین لباس‌ها، اجناس اهدایی را از بالای كامیون‌ها به سوی مردم پرتاب می‌كردند و این عمل موجب رنجش مردم آسیب‌دیده شد. لذا سریعا كارت‌های شناسایی برای نیروهای هلال احمر صادر شد كه جلوی اینگونه اعمال گرفته شود و نیروهای امدادی قابل شناسایی باشند.
می‌توان گفت هجوم بی‌رویه غیرضروری نیروهای امدادی از سازمان‌ها و ارگان‌های مختلف و همچنین ناهماهنگی بین نیروها خود مشكلات زیادی را به‌دنبال داشت. ارگان‌ها و نهادهای دولتی نیز با اوج گرفتن احساسات انساندوستانه مردم شروع به دعوت از آنان جهت كمك‌رسانی کردند. به‌عنوان مثال خبرنگاران صداوسیما با گفتن برای كمك به هموطنان به سمت بم بشتابیم و دعوت مردم به شهر بم مشكلات زیادی را به‌وجود آوردند. این افراد چون سازمان مشخصی نداشتند مشكل‌ساز شدند، رانندگانی به ما مراجعه می‌كردند و از ما خودرو جهت امدادرسانی می‌خواستند، گاهی این افراد حتی هزینه بازگشت خود را نداشتند، پزشكانی به ما مراجعه می‌كردند كه وسایل تشخیص اولیه را همراه نداشتند. بعدا به این افراد گفته شد كه می‌بایست در محل زندگی خود ثبت‌نام کرده و به نوبت جهت امدادرسانی اعزام شوند.
یكی دیگر از مواردی كه برای اولین بار در زلزله بم رخ داد صدور مجوز ورود به آسمان ایران از هر كشور و هر جایی برای كمك به آسیب‌دیدگان بود. اعلام فضای باز برای مشتاقانی كه می‌خواستند به هر دلیل ازجمله كمك‌رسانی بیایند خوب بود ولی برای ما مشكلات بسیاری را به‌وجود آورد. چراكه بیشتر این تیم‌ها وسایل كافی و كارآمدی لازم را نداشتند.
درس‌هایی را كه در زلزله گیلان و زنجان آموختیم در امدادرسانی زلزله بم بسیار مفید واقع شد، برای اولین بار در تاریخ حوادث جهان فدراسیون بین‌المللی صلیب سرخ و هلال احمر و بخش بشردوستانه سازمان ملل استمداد مشترك بین‌المللی انجام دادند و یك مركز هماهنگی مشترك در منطقه با همكاری اداره كل بین‌المللی جمعیت هلال احمر ایران تشكیل دادند.