اصلاح نظام یارانه در اصلاحیه ساختار بودجه ازجمله تغییراتی است که رئیس سازمان برنامه و بودجه کشور از آن خبر داد. به گفته محمدباقر نوبخت «نحوه پرداخت یارانه‌ها می‌تواند اصلاح و هدفمند شود. یارانه حمایت معیشتی ناشی از افزایش نرخ بنزین را به ۶۰میلیون نفری که فکر می‌کردیم نیازمندتر هستند تاکنون داده‌ایم و امیدواریم که هدفمند پرداخت شود. ۲۰ تا ۲۲میلیون نفری که این یارانه را دریافت نمی‌کنند قطعا گلایه دارند. اگر هم یارانه را به همه بدهیم که در واقع آن را هدفمند توزیع نکرده‌ایم.»
به گزارش باشگاه خبرنگاران نوبخت گفت: «در برنامه اصلاح ساختار بودجه هم موضوع اصلاح پرداخت یارانه‌ها را گنجانده‌ایم. ان‌شاءالله با تصویب این برنامه از سوی مجلس، حتی لایحه بودجه ۱۴۰۰ هم بر مبنای همین اصلاح ساختار، ارایه می‌شود. به میزانی که برنامه اصلاح ساختار بودجه در مجلس تصویب شود، آن را در لایحه بودجه سال بعد لحاظ خواهیم کرد و در جهت اصلاح اعداد و ارقام عمل می‌کنیم.»
محمدباقر نوبخت در توضیح تغییرات بودجه‌ای مطلوب گفت: «اصلاح ساختار بودجه پس از آنکه از سوی مقام معظم رهبری در سال ۹۷ مطالبه شد از سوی سازمان برنامه و بودجه کشور در وقتی معین تدوین و به رهبری و شورای عالی هماهنگی سه قوه ارایه شد. رهبری تصریح فرموده بودند که اصلاح ساختار باید در همان شورای عالی تأیید شود و قرار نبود به مجلس راه پیدا کند. حتما ایشان مصلحتی داشتند که این موضوع در شورای عالی تأیید شود. البته ما کوشیدیم از همه ظرفیت‌های کشور برای تدوین آن استفاده کنیم.»
او اضافه کرد: «ما روی ۴ محور و ۱۰ بسته متمرکز شدیم؛ اینکه «چگونه درآمدهایمان پایدار شود»، «چگونه هزینه‌ها بهینه شوند»، «چگونه در بودجه‌های سنواتی ثبات، عدالت اجتماعی و اقتصادی اعمال شود» و «چگونگی اصلاح روش بودجه‌ریزی کنونی در دولت و مجلس». برنامه اصلاح ساختار بودجه را هم به مجلس و هم به همه اعضای روسای سه قوه تقدیم کردیم و انتظارمان این بود که اجماعی در میان سران منطبق با نظر مقام معظم رهبری ایجاد شود.»
رئیس سازمان برنامه و بودجه تصریح کرد: «تا این لحظه با آنکه برای بررسی برنامه اصلاح ساختار زمان مشخصی تعیین شده بود به جمع‌بندی بین سه قوه در شورای عالی دست پیدا نکرده‌ایم. البته ما مدعی نیستیم که آنچه ارایه دادیم، بهترین است اما به هر دلیلی در شورای عالی تصویب نشد و ما همان برنامه را به مجلس جدید ارایه دادیم.»
نوبخت اضافه کرد: «مجلس امکان قانونگذاری دارد و می‌تواند برنامه اصلاح ساختار را بررسی کنند. ما برای تمامی محورها و پروژه‌های تعیین‌شده در این برنامه تفصیلا پاسخ داریم. البته حرف‌زدن درباره «اصلاح ساختار بودجه» بسیار آسان است اما همین که بخواهند این شیر را خالکوبی کنند می‌بینید که چه شیر بی‌یال و کوپالی می‌شود.»
نوبخت یادآور شد: «اصلاح ساختار بودجه یک عمل جراحی بزرگ است. ما سالیانه ۱۳۴هزار‌میلیارد تومان یارانه می‌دهیم. این عدد چند برابر بودجه کشور است که در شرایط کنونی پرداخت می‌شود؟ اما آیا به همین‌گونه باید پرداخت شود؟ آیا شیوه اخذ مالیات ما صحیح است؟ چرا هم موعدیان و هم مجریان ناراضی‌اند... و هم از سوی دیگر مجریان مالیاتی معتقدند که‌درصد مالیات کشور ما نسبت به شاخص کشورهای توسعه‌یافته و صنعتی بسیار پایین‌تر است که نشان‌دهنده استفاده اندک از این ظرفیت است.»
او متذکر شد: «با اصلاح قیمت بنزین، منابع حاصل از افزایش نرخ بنزین را به عنوان یارانه به مردم برگرداندیم، اما در ماه‌های اخیر درآمدهای ناشی از افزایش قیمت بنزین به علت کاهش مصرف و صادرات بنزین پایین این آمده است اما دولت همچنان همان میزان یارانه را به مردم پرداخت می‌کند.»
رئیس سازمان برنامه و بودجه گفت: «در حال حاضر پنجاه‌هزار‌میلیارد تومان معافیت مالیاتی داریم؛ کدام بخش آن را اصلاح کنیم که داد کسی در نیاید و خساراتی را به ما تحمیل نکند. دولت به لزوم اصلاح ساختار بودجه معتقد است و منتظر نظر مجلس هستیم تا پس از تصویب آن از سوی نمایندگان باانگیزه مجلس آن را اجرا کنیم.»
نوبخت ادامه داد: «این نشان‌دهنده ضرورت اصلاح است. به جای آنکه مالیات را عمدتا متوجه حقوق و مصرف کنیم آن را به سمت درآمد و سرمایه‌ها بردیم؛ به عبارتی نظام مالیاتی را با نظام تأمین اجتماعی گره زدیم و مشخص کردیم هر کسی در ماه و در‌سال چقدر می‌تواند درآمد داشته باشد و اگر بیشتر از آن درآمد دارد؛ باید مالیات بدهد و اگر درآمد کمتری دارد، باید یارانه بگیرد.»
وی عنوان کرد: «در خصوص بحث هزینه‌ها در قوانین بودجه نیز مراکز تحقیقاتی، فرهنگی و مذهبی مشابهی داریم و می‌توانیم برخی از اینها را به جهت کار مشابه، در یک ردیف تجمیع کنیم. اما این کار آسانی نیست. امیدواریم مجلس برنامه اصلاح ساختار بودجه را مصوب کند تا آن را اجرا کنیم. البته اعمال کوچکترین تغییر، اعتراضات بسیاری را برخواهد انگیخت. اما لازم است که این جراحی در اقتصاد کشور صورت بگیرد.»