از همان روزی که خبر آمد اسکوچیچ به دنبال همکاری با کریم باقری در کادر فنی تیم‌ملی است، مشخص بود که این همکاری با جنجال و حاشیه همراه خواهد شد. خبر رسمی این موضوع را وقتی سه‌شنبه شب پرسپولیسی‌ها منتشر کردند، حاشیه‌های زیادی به وجود آمد. هواداران تیم احترام زیادی برای باقری قائل هستند و تأکید دارند با حضور او بوده که بسیاری از حاشیه‌های تیم جمع شده است و به هیچ عنوان نباید از کادر فنی جدا شود. از آنجا که شایعه شد یحیی گل‌محمدی و مدیران باشگاه تمایل زیادی به حضور باقری در کادر به علت رقم زیاد قراردادش ندارند، بخش قابل توجهی از هواداران با اعلام خبر حضور باقری در تیم‌ملی به این ذهنیت رسیدند که مدیران باشگاه می‌خواهند با اهرم تیم‌ملی با کریم باقری قطع همکاری کنند. جو هواداران هم به قدری سنگین شد که درنهایت عوامل باشگاه مجبور به شفاف‌سازی شدند.
محمدحسن انصاری‌فرد در گفت‌وگو رسمی با سایت باشگاه توضیحات کاملی از روند مذاکره فدراسیون با باقری برای کمک به تیم‌ملی ارایه داد و تأکید کرد این مربی تنها در زمان اردوی تیم‌ملی در تمرینات شرکت خواهد کرد و کارش را در پرسپولیس هم ادامه خواهد داد. روابط عمومی باشگاه هم در اطلاعیه‌ای هر گونه اختلاف در تیم و وجود اراده برای قطع همکاری با باقری را تکذیب کرد و به هواداران و رسانه‌ها این توضیحات را ارایه داد: «گل‌محمدی با همکاری باقری با تیم‌ملی فقط برای منافع ملی موافقت کرد. آقا کریم اسطوره پرسپولیس است و به هیچ عنوان از جمع ما جدا نخواهد شد. قبل از اتمام لیگ فقط هفتم تا دوازدهم فروردین همچون ملی‌پوشان در تمرینات پرسپولیس نیستند و در هیچ دیداری از پرسپولیس هم غایب نخواهند بود.»کریم باقری هم در گفت‌وگو با سایت رسمی باشگاه درباره این اتفاقات گفت: «فدراسیون فوتبال و سرمربی تیم‌ملی به من لطف داشته‌اند و پس از مذاکرات قرار شد من هم مثل ملی‌پوشان در زمان‌هایی که تیم‌ملی اردو یا بازی دارد، در خدمت باشم و در سایر مواقع هم مثل بازیکنان، کار خودم را در پرسپولیس دنبال‌می‌کنم و قرار نیست از پرسپولیس بروم. پس هواداران عزیز هم اصلا نگران نباشند»البته طرفداران کارلوس کی‌روش و چند رسانه به حضور هم‌زمان باقری در تیم‌ملی و پرسپولیس ایراد گرفتند و همه منتظر شفاف‌سازی فدراسیون در این زمینه هستند. این درحالی است که در زمان حضور کی‌روش در تیم‌ملی بامداد میرزایی به‌عنوان یک ایجنت رسمی فیفا در کادر فنی حضور داشت و از این جناح اعتراضی بلند نشد. آن چیزی که مشخص است حضور کریم باقری در این شرایط می‌تواند بسیاری از حاشیه‌های داخل تیم‌ملی را که ممکن است علیه کادر فنی از سوی بازیکنان ایجاد شود، کنترل کند.