دستیار ارشد رئیس‌جمهوری در امور اقوام و اقلیت‌ها در گفت‌وگوی مفصلی که با خبرگزاری اصولگرای تسنیم انجام داده است درباره اظهارنظرش راجع به پرچم شیر و خورشید، پررنگ کردن نقش مولوی عبدالحمید، رد ماجرای گروگانگیری سربازان ایرانی در سیستان‌وبلوچستان و مواضعش در انتخابات‌ سال 88 و انتخابات مجلس دهم سخن گفته است.
علی یونسی درباره بحث پرچم شیروخورشید و تذکر رئیس‌جمهوری در این‌باره با بیان این‌که در زمان مناسبی کاملا همه جوانب امر را باز می‌کنم و دلایل آن را می‌گویم گفته است: معتقدم که این یک موضوع انقلابی، اسلامی و شیعی است. مستندات و دلایل کافی هم برای ادعایم وجود دارد. باید صاحب‌نظران و کسانی که در حوزه مسائل تاریخی و فرهنگی کار کرده‌اند، بحث کنند. در حوزه کارشناسی، تقریبا اختلافی نیست.
یونسی درباره اظهارنظر حضرت امام(س) درباره نابودی نمادهای شاهنشاهی پس از انقلاب نیز تصریح کرده است: سخنان حضرت امام(س) همانند سایر سخنان بزرگان اسلام، قابل تفسیر است. ما تردید نداریم که منظور اصلی حضرت امام(س) علایم رژیم شاهی و طاغوتی بوده است... نه مطلق علایم و آثار گذشته. اگر مرادشان مطلق علایم بود، پرچم سه رنگ جمهوری اسلامی هم از گذشته وجود داشته است.  دستیار ارشد رئیس‌جمهوری در امور اقوام و اقلیت‌ها همچنین در پاسخ به سوال خبرنگار تسنیم راجع به این‌که چرا در ماجرای گروگانگیری مرزبانان ایرانی در سیستان و بلوچستان توسط گروهک تروریستی نقش مولوی عبدالحمید امام جمعه اهل‌سنت زاهدان برجسته شد، گفت: در مورد آقای مولوی عبدالحمید با جناب آیت‌الله سلیمانی نماینده محترم ولی فقیه در استان هماهنگ هستم. حتی قبل از پیروزی آقای دکتر روحانی در انتخابات ریاست‌جمهوری نیز به توصیه ایشان عمل می‌شد. هرچه غیر از این نقل شده است کذب محض است.  یونسی تصریح می‌کند: در مورد مرزبانان معتقدم خوب عمل نکردیم و به نوعی به تروریست‌ها باج داده شد. برای اولین‌بار یک گروه تروریست با نام و اسم زیبای اسلامی در سطح جهانی معرفی شد درحالی‌که این امکان وجود داشت که از ظرفیت‌های محلی با کمترین هزینه مادی و معنوی همه مرزبانان اسیر را آزاد کرد. وزیر اطلاعات دولت اصلاحات همچنین در پاسخ به این سوال که آیا او رابط بین اصلاح‌طلبان و حسن روحانی است یا نه پاسخ داده: هیچ رابطه نمایندگی ندارم. بنده مشغول همین کار (امور اقوام و اقلیت‌ها) هستم که کار سنگینی نیز هست، این کار تمام وقت بنده را گرفته است.  یونسی همچنین درباره این سوال که آیا کمیته‌ای برای انتخابات مجلس تشکیل شده و یونسی مسئول ساماندهی رابطه دولت و اصلاح‌طلبان است یا نه با بیان این‌که دولت برای انتخابات آینده برنامه‌ای ندارد پاسخ داده: دولت، رئیس‌جمهوری و کابینه بنا ندارند در انتخابات وارد شوند. من هم به‌عنوان دستیار ویژه رئیس‌جمهوری بنا ندارم در بحث انتخابات وارد شوم.