درحال حاضر یکی از نگرانی‌های مردم شیراز و به‌طورکلی فعالان محیط‌زیست فارس گسترش و توسعه پالایشگاه زرقان است. هرچند که معاون طبیعی سازمان محیط‌زیست در جلسه‌ای عنوان کرد که به دلیل مشکلات زیست‌محیطی اجازه توسعه پالایشگاه داده نمی‌شود، اما تجربه ثابت کرده است که درنهایت تمام پروژه‌های ملی بزرگ نظیر پالایشگاه زرقان کار خود را می‌کنند. به همین دلیل نگرانی‌های دوستداران محیط‌زیست از تبعات منفی زیست‌محیطی آن تشدید شده است. قرار گرفتن قسمتی از پالایشگاه در محدوده پارک ملی بمو اضطراب را در دل حامیان توسعه پایدار به‌وجود آورده که مبادا با آغاز فعالیت این پالایشگاه حیات این پارک ملی به خطر افتد. اگرچه هنوز به دلیل نداشتن گزارش ارزیابی زیست‌محیطی این پروژه شروع به کار نکرده است، اما به‌نظر می‌رسد در آینده‌ای نه‌چندان دور فعالیت این پالایشگاه که بخش از پارک ملی بمو را در اختیار دارد، مشکلات زیست‌محیطی زیادی ایجاد خواهد کرد.