رئیس موسسه آموزشی و پژوهشی امام‌خمینی(ره) گفته است: در سال‌های ابتدای بعثت بسیاری از بستگان و اصحاب پیامبر(ص) رفوزه شدند. آن زمان برخی بستگان پیامبر(ص) عامل انحراف بودند و رفوزه شدند و اکنون برخی بستگان امام‌خمینی(ره). به گزارش فارس، آیت‌الله محمدتقی مصباح‌یزدی در گفت‌وگویی مشروح با عصر اندیشه به بررسی مسائل پیش روی نخبگان و خواص در ایران امروز ازجمله «تحریف امام‌خمینی» و «سازش با غرب» از دیدگاه خود پرداخته و ضمن این مصاحبه به شدت از هاشمی رفسنجانی و بیت امام‌خمینی(ره) انتقاد کرده است.
آیت‌الله مصباح‌یزدی در پاسخ به سوال پیام فضلی‌نژاد سردبیر نشریه عصر اندیشه مبنی بر این‌که اخیرا آقای‌هاشمی رفسنجانی گفته «تمدنی که امام می‌خواست این انقلاب ایجاد کند، دچار انحراف شده است» و حتی از شما به‌عنوان یکی از تحریف‌گران امام نام می‌برند، اظهار کرده: کسانی که ما را متهم به تحریف می‌کنند [آقای هاشمی‌رفسنجانی]، درواقع افترا می‌زنند و افترا از قدیمی‌ترین شگردهای شیطانی است. یکی از نعمت‌های الهی که خدا در این قرن به ما داد، وجود امام بود. اگر امام را تحریف کنند، یعنی دارو را تبدیل به سم کرده‌اند. نتیجه این است که به جای بهبود، مرگ خواهد بود. کفران نعمت نتیجه‌ای جز این ندارد و این یک قاعده قطعی و استثناناپذیر الهی است. برای همین، همان‌طور که رهبری فرمودند اگر راه امام گم شود، ملت ایران سیلی می‌خورد. جامعه ما درحال رشد است و هر قدر جامعه رشد می‌کند، امتحان‌ها و فتنه‌های آن پیچیده‌تر و سنگین‌تر می‌شود.
این عضو مجلس خبرگان رهبری سپس به انتقاد از برخی بستگان امام پرداخته و گفته است: «گاهی برای تحریف امام به متشابهات کلام امام استناد و شأن نزول آن را انکار می‌کنند.» مصباح‌یزدی همچنین در ادامه این گفت‌وگو تأکید کرده است: تحریف‌گران با ابزارهای مختلف ازجمله جنگ روانی و افترا و تهمت به میدان آمده‌اند و برای آنها هدف وسیله را توجیه می‌کند، اما ما جز حق را نباید ترویج کنیم و جز از وسیله حق نمی‌توانیم استفاده کنیم. دشواری مهم این است که تحریف‌گران از تاکتیک‌های متنوعی استفاده می‌کنند که می‌تواند عموم مردم و خصوصا جوانان را تحت‌تأثیر قرار دهد و بفریبد. وی ادامه داد: این معادله نابرابر، می‌تواند اراده طرفداران حق را تضعیف کند و سبب می‌شود کسانی که به حق باور دارند و می‌خواهند خدمت کنند، تصور نمایند که نمی‌توان کاری کرد، اما ما یک چیز داریم که اهل باطل ندارند و آن پشتیبانی الهی و ازجمله آن امدادهای غیبی است.
مصباح‌یزدی در پاسخ به سردبیر عصر اندیشه که از تشییع غواصان شهید به‌عنوان «٩ دی هسته‌ای» نیز یاد می‌شود، گفته است: جمله مقام معظم رهبری که «خطاب الهی را شنیدید» بسیار پرمعنی بود که اشارتی به همین موضوع داشت. هیچ‌کس باور نمی‌کرد که تشییع غواصان با چنین استقبالی مواجه شود و کسی حرکت عظیم مردم را تصور نمی‌کرد.
مصباح‌یزدی همچنین گفته است: در اسلام «پلورالیسم فرهنگی» نداریم و کثرت‌گرایی به شکلی محدود در سطوح فرعی پذیرفته شده است. فرض بفرمایید در فرقه‌های مختلف اسلامی یا در فقه، اما در مواضع اصولی هیچ جای انعطاف و کثرت نیست.