حمید بعیدی‌نژاد، از اعضای ارشد تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای کشورمان در پستی در صفحه اینستاگرامش، به اظهارنظرهای «افراد غیرمطلع از تحولات» مذاکرات هسته‌ای اعتراض کرده و از اقدام طراحان تظاهرات‌ها علیه مذاکرات هسته‌ای انتقاد کرد. وی در صفحه اینستاگرامش نوشت: «متاسفانه درحالی‌که مواضع قدرتمندانه تیم مذاکرات هسته‌ای در سطح بالای مسئولان عالی نظام مورد تقدیر قرار گرفت، عده‌ای از افراد غیرمطلع از تحولات پیرامون این موضوع، به‌جای تقدیر از تیم مذاکرات هسته‌ای کشورمان، انگار فرصت را برای عقده‌گشایی مغتنم دیدند و بدون آگاهی از روند طرح موضوع که به صورت کامل به مقامات عالی نظام گزارش شده بود، شدیدترین حملات را علیه تیم هسته‌ای کشورمان تدارک دیدند و به قول معروف فریادهایی که باید بر سر ارائه‌دهندگان طرح می‌کشیدند، ناجوانمردانه بر سر اعضای تیم مذاکرات هسته‌ای کشیدند. تظاهرات طراحی کردند و بی‌محابا خواستار قطع مذاکرات شدند. هرچند با توجه به آنکه مقامات عالی نظام در جریان همه این تحولات و موضع اصولی و شجاعانه تیم مذاکرات هسته‌ای کشورمان قرار دارند، این مخالفت‌ها، واردآوردن تهمت‌ها، و عقده‌گشایی‌ها کوتاه‌مدت خواهند بود، اما به طرح برخی نگرانی‌ها در سطح افکارعمومی دامن می‌زند که نتیجه آن چیزی جز بی‌اعتمادی به نهادهای اصلی کشور نیست.»
عضو تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای کشورمان گفت: بحث بازرسی از تاسیسات نظامی و انجام مصاحبه‌ها در چارچوب یک ابتکار عمل ویژه برای حل موضوع پی‌ام‌دی مطرح شد، نه به عنوان یک چارچوب ثابت و پایدار در قالب محتوای تفاهم هسته‌ای که بعد بخواهد در قالب پروتکل الحاقی تعریف شود.
حمید بعیدی‌نژاد عضو تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای کشورمان در صفحه اینستاگرام خود درباره واقعیت بحث پی‌ام‌دی (ابعاد احتمالی نظامی) و اهمیت آن در مذاکرات هسته‌ای نوشت: طرح روزمره بحث بازرسی از تاسیسات نظامی و مصاحبه با دانشمندان هسته‌ای از موضوعاتی هستند که تقریبا هر روز توسط رسانه‌ها و در اظهارات مقامات رسمی و غیر رسمی سیاسی و نظامی کشور مورد اشاره قرار می‌گیرد که خود نشان‌دهنده اهمیت ویژه آن برای کشورمان است. در عین حال در طرح ابعاد مختلف موضوع گاهی اشتباهاتی صورت می‌گیرد که نه تنها تصویر نادرستی از ابعاد این موضوع ارائه می‌کند بلکه افکار عمومی را نیز دچار سردرگمی و نگرانی می‌کند که به تبع آن برخی اظهارنظراتی نیز در سطح کشور انجام گرفته است. هدف این یادداشت روشن کردن برخی جنبه‌های موضوع برای افکارعمومی است که امید است مفید واقع شود. در ادامه این یادداشت آمده است: مهمترین خلط مبحثی که در بحث بازرسی‌ها از تاسیسات نظامی و مصاحبه با دانشمندان هسته‌ای صورت می‌گیرد، خلط بحث پی‌ام‌دی با محتوای مذاکرات هسته‌ای است. آقای دکتر ظریف در همان ابتدای طرح موضوع بازرسی‌ها و مصاحبه‌ها، در یکی از صحبت‌های مطبوعاتی خود به جدایی این مباحث از محتوای مذاکرات هسته‌ای اشاره فرمودند اما متاسفانه چندان توجهی به آن نشد. آقای دکتر عراقچی نیز در ذیل توضیحات مبسوطی که در چند نوبت پیرامون موضوع ارائه کردند به این خلط مبحث اشاره کردند ولی ادامه نوع طرح موضوع در مقالات، سخنرانی‌ها و موضع‌گیری‌ها نشان می‌دهند که هنوز این خلط مبحث وجود دارد.
یکی از مهمترین آثار این خلط مبحث ارتباط دادن مستقیم بحث پروتکل الحاقی به موضوع بازرسی‌ها و مصاحبه‌ها و شمولیت این پروتکل نسبت به امکان بازرسی از تاسیسات نظامی و مصاحبه با دانشمندان است. در حالی‌که بحث بازرسی از تاسیسات نظامی و انجام مصاحبه‌ها در چارچوب یک ابتکار عمل ویژه برای حل موضوع پی‌ام‌دی مطرح شد، نه به عنوان یک چارچوب ثابت و پایدار در قالب محتوای تفاهم هسته‌ای که بعد بخواهد در قالب پروتکل الحاقی تعریف شود.
یکی از اولین اصولی که ایران و کشورهای ١+٥ از همان ابتدای مذاکرات با آن توافق داشتند این بود که در تفاهم آینده هسته‌ای، ایران پروتکل الحاقی را به طور داوطلبانه و موقت اجرا خواهد کرد تا مجلس شورای اسلامی در زمان مناسب خود و البته با در نظر گرفتن اجرای تعهدات طرف مقابل، نسبت به تصویب پروتکل الحاقی تصمیم لازم را اتخاذ کند. این توافق ناظر بر تصمیم کشورمان برای به تعلیق در آوردن اجرای داوطلبانه پروتکل الحاقی است که به دنبال ارجاع موضوع برنامه هسته‌ای کشورمان به شورای امنیت صورت گرفت.
طبیعی است که با انعقاد یک تفاهم جامع در خصوص موضوع هسته‌ای این انتظار وجود داشته باشد که ایران نیز به تصمیم قبلی خود یعنی اجرای داوطلبانه و موقت پروتکل الحاقی برگردد. با توجه به توافق کشورمان نسبت به این موضوع که در صورت حصول یک توافق جامع هسته‌ای، ایران با برگشتن به تصمیم قبلی خود اجرای پروتکل الحاقی را از سر خواهد گرفت، این به یکی از توافق‌های اصولی کشورمان با کشورهای مقابل تبدیل شده است. اهمیت این توافق آن است که بدون اجرایی شدن پروتکل الحاقی هر چند به صورت موقت، آژانس قادر به تایید صلح‌آمیز‌بودن برنامه هسته‌ای ایران نخواهد بود و این به معنای شکست کل فرآیند حل‌و‌فصل موضوع هسته‌ای ایران خواهد بود. اما ربط دادن موضوع بازرسی‌ها و مصاحبه‌ها به مفاد پروتکل الحاقی به این موضوع ختم نشد، بلکه به طرح مباحث مختلفی نسبت به ارائه تفسیرهای مختلف از پروتکل الحاقی پیرامون شمولیت بازرسی از تاسیسات نظامی و مصاحبه با دانشمندان هسته‌ای در پروتکل الحاقی انجامید که اساسا نادرست بود. این عضو تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای کشورمان در ادامه مطلب خود نوشت: بگذارید یک‌بار دیگر یادآوری کنیم که پروتکل الحاقی به هیچ‌وجه شامل مفادی در خصوص تعهد کشورها نسبت به پذیرش بازرسی از تاسیسات نظامی خود یا ضرورت بازجویی از دانشمندان هسته‌ای نمی‌شود.
نهایت چیزی که در پروتکل الحاقی آمده است، دسترسی مدیریت شده به سایت‌های غیر هسته‌ای با هدف انجام نمونه‌گیری‌های محیطی برای اثبات عدم فعالیت هسته‌ای در سایت‌های اعلام نشده است. بدیهی است که کشورهای عضو آژانس حتی بر اساس توافقنامه عمومی پادمان که همه کشورهای عضو ان‌پی‌تی متعهد به پذیرش آن هستند باید هرگونه فعالیت هسته‌ای خود را رسما به آژانس اعلام کنند و وجود فعالیت هسته‌ای جز در برنامه‌های اعلام شده ممنوع است. پس اگر شواهدی نسبت به وجود مواد هسته‌ای در تاسیسات اعلام نشده اعم از نظامی و غیر نظامی وجود داشته باشد آژانس فقط از طریق رویه‌های خاصی که وجود دارد می‌تواند درخواست دسترسی هدایت‌شده به آن تاسیسات را داشته باشد که کشور عضو نیز برای اثبات پایبندی خود به فقدان هرگونه برنامه هسته‌ای در تاسیسات اعلام نشده با انجام نمونه‌برداری محیطی موافقت می‌کند. خوشبختانه ایران هیچ‌گاه با چنین روش‌هایی مشکل نداشته است، چرا که اصولا در ایران هرگونه برنامه هسته‌ای در تاسیسات اعلام شده انجام می‌گیرد و کشورمان هیچ‌گاه قصدی برای انجام برنامه هسته‌ای در تاسیسات غیر اعلام نشده ندارد که بخواهد با رویه‌های تثبیت شده دسترسی مدیریت شده آژانس مشکلی داشته باشد.
بعیدی‌نژاد ادامه داد: هیچ تردیدی در اینکه حل و فصل اتهامات ساختگی علیه ایران فقط با یک تفاهم سیاسی ممکن است، وجود ندارد، وگرنه بحث و بررسی این موضوع هر چقدر هم که طول بکشد نمی‌تواند به رفع این اتهامات کمکی کند. طرف‌های مذاکرات هسته‌ای ایران نیز با درک همین اصل، در جریان مذاکرات پیشنهاد کردند که ایران و ١+٥ راه‌حلی برای این موضوع بیابند، چون آنها هم انگیزه داشتند که همزمان با حصول تفاهم جامع هسته‌ای با ایران، موضوع اتهام تلاش برای دستیابی به سلاح هسته‌ای را نیز حل و فصل کنند. بر این اساس پیشنهاد کردند که ایران با اتخاذ برخی اقدامات مشخص، امکان حل و فصل نهایی موضوع را فراهم کند. منظور آنها این بود که ایران به انجام برخی اقدامات مشخص که ایران و اعضای ١+٥ با توافق مشترک در مذاکرات آنها را مشخص می‌کردند، مبادرت می‌کرد و بعد بدون آنکه پیگیری دیگری از سوی آنها صورت بگیرد، پرونده این موضوع برای همیشه در آژانس بسته می‌شد. ایران اعلام کرد با آنکه مبنای موضوع این پرونده را ساختگی می‌داند ولی برای کمک به حل موضوعی که چندین سال است بین ایران و آژانس موضوع مناقشه است، از نظر روش کار این هدف را قابل حصول می‌داند اما توافق در خصوص آن به این امر بستگی دارد که اقداماتی که از ایران انتظار می‌رود چه اقداماتی باشد. آنها قول دادند که این موضوع را با توجه به حساسیت ویژه آن در سطح کشورهای ١+٥ بحث و هماهنگ کرده و در موقع مقتضی نظر نهایی خود را به ایران اطلاع دهند.