هفته ششم رقابت‌های لیگ برتر با یک بازی بسیار مهم آغاز شد و سرخابی‌های پایتخت در ورزشگاه امام خمینی اراک به مصاف هم رفتند که این بازی با تک گل حسین کنعانی‌زادگان به پایان رسید. فارغ از تمام حواشی‌ای که این بازی از گذشته تا کنون داشته است، تغییر و تحولات استقلال، مهم‌ترین حاشیه این روزها پس از برگزاری داربی است.
ساعت جهنمی هواداران، کادر فنی و مدیریت باشگاه استقلال در حالی سپری شد که بلافاصله پس از شکست داربی، رئیس هیات مدیره و مدیرعامل استقلال از حضور نکونام روی نیمکت آبی‌پوشان حمایت کردند، اما هواداران این تیم روی سکوها از خجالت سرمربی درآمدند و از او خواستند صندلی سرمربیگری استقلال را ترک کند. درخواستی که صبح روز پنجشنبه از سوی گروهی دیگر از هواداران استقلال در مقابل ساختمان باشگاه تکرار شد تا کلاف سردرگم مشکلات استقلال پیچیده‌تر شود.
نکونام که با تساوی برابر ملوان و شکست برابر استقلال خوزستان در کانون اعتراضات علنی بخش خاکستری هواداران استقلال قرار گرفته بود، با وجود مذاکره مدیران باشگاه با سرمربیان خارجی، در سمت خود باقی ماند و الغرافه را با نمایشی چشمگیر شکست داد تا به نظر همه حواشی پیرامون او تمام‌شده قلمداد شود.
اما با توقف مقابل نساجی، بار دیگر آتش فروکشیده انتقادات از او زبانه کشید تا جایی که مشاور مدیرعامل استقلال به خود اجازه داد در آستانه داربی با یک کنفرانس مطبوعاتی او را تحت فشار و انتقاد قرار دهد. دنباله این موارد و بی‌اعتمادی که نکونام نسبت به مدیران باشگاه استقلال داشت، در نهایت او را به استعفای کتبی از سرمربیگری تیمش وا داشت تا جایی که خبر برگزاری جلسه هیأت مدیره برای رسیدگی به این استعفا هم در برخی از خبرگزاری‌ها منتشر شد.
با وجود این اما جواد نکونام  پنج‌شنبه شب با انتشار مطلبی با هواداران استقلال خداحافظی کرد و جدایی خود از نیمکت مربیگری تیم محبوبش را اعلام کرد. او در بخشی از این اظهار کرد: «الان هم اگر این حرف‌ها را می‌زنم و درد دل می‌کنم، می‌خواهم بروم، چون به خاطر دشمنی با من می‌خواهند استقلال را از بین ببرند، به خاطر استقلال و هوادار استقلال می‌روم تا این تیم بیشتر از این‌ها لطمه نخورد. من وظیفه خود مي‌دانم به خاطر کسب نتایج اخیر از هواداران استقلال عذرخواهی کنم، به خاطر همه کم و کاستی‌ها و ناراحتی‌ها و رنجش خاطر آنها، امیدوارم من را ببخشند.‌ من همه تلاشم را کردم اما اجازه ندادند.»
پس از شکست در داربی، احمد شهریاری رئیس هیأت مدیره استقلال و فرشید سمیعی مدیرعامل باشگاه، بلافاصله اعلام کردند که از نکونام حمایت می‌کنند و خواهان ادامه همکاری با او هستند. با این حال، نکونام با جدیت بر تصمیم خود پافشاری کرد و بیانیه باشگاه استقلال که با استعفای او مخالفت می‌کرد، نتوانست نظر او را تغییر دهد. در بیانیه باشگاه آمده بود که زمان کمی تا بازی حساس با السد باقی‌مانده و تیم در شرایط بحرانی نیاز به ثبات دارد.
با توجه به عدم تمایل نکونام به بازگشت، گمانه‌زنی‌ها درباره سرمربی موقت برای هدایت استقلال مقابل السد مطرح شد. گزینه‌هایی مانند حمیدرضا رجبی، دستیار نکونام، به عنوان سرمربی موقت یا نام‌هایی چون خسرو حیدری، مجید نامجومطلق و سهراب بختیاری‌زاده در رسانه‌ها مطرح شدند. در عین حال، برخی گزارش‌ها حاکی از آن بود که باشگاه به نکونام تا ساعت 16 روز جمعه فرصت داده تا به اردو بازگردد، اما بازگشت او همچنان بعید به نظر می‌رسید اما در چرخشی غیرمنتظره از اتفاقات، دقایقی پیش نکونام با وجود انتشار نامه خداحافظی، روز جمعه در محل تمرین استقلال حاضر شد. براساس پیگیری از باشگاه استقلال؛ یکی از مدیران این باشگاه اعلام کرد نکونام همراه کاروان تیم به السد خواهد رفت و ماجرای تصمیم گیری پس از بازی دوم لیگ نخبگان و احتمال جدایی نکونام نیز به پایان رسید.به این ترتیب به نظر می‌رسد مدیران باشگاه استقلال برای ادامه کار با نکونام در فصل جاری به جمع بندی رسیده‌اند.