موسسه مهرآفرین پس از 2‌سال فعالیت پراکنده در ‌سال 1384 به شکل رسمی توسط خانم فاطمه دانشور فعالیت‌های نیکوکارانه خود را آغاز کرد. از آن تاریخ تا به امروز، خانم فاطمه دانشور به همراه همسرشان آقای مهرداد اکبریان قسمتی از سرمایه خود از شرکت سیاحان سپهر آسیا در مهرآفرین به جریان انداختند و به این واسطه بدون کمک هیچ نهاد دیگری تا 3‌سال به فعالیت‌های نیکوکارانه خود ادامه دادند. وی خانه پدری را نیز وقف امور خیریه کرده و دفتر عملیاتی مهرآفرین در میدان شهدا، در حقیقت همین خانه و ارثی است که از پدر به ایشان رسیده است. وی همچنین زمین‌های پدر را در شهرستان تبدیل به شعبات موسسه مهرآفرین پناه عصر کرده است.
فاطمه دانشور در عهدی که با خدای خود در زمان تشرف به مکه مکرمه می‌بندد تصمیم می‌گیرد چنانچه مشکلات شدید او در کسب و کارش برطرف شود، بخشی از درآمد خود را به امور خیریه اختصاص دهد. پس از بازگشت از مکه امیدهایش زنده شده و کسب و کار او در تجارت و صادرات مواد معدنی رونق می‌گیرد که حاصل آن شرکت سیاحان سپهر آسیا است که فاطمه دانشور مدیرعامل و سهامدار این شرکت است.
پس از حل مشکلات مالی خانم دانشور تصمیم می‌گیرد به عهد خود وفا کند و اقدام به تأسیس موسسه نیکوکاری می‌کند تا تحت لوای آن بتواند به صورت سازماندهی شده و پیوسته بخشی از فعالیت‌های خود را در آن انجام دهد.
باتوجه‌به دانش آکادمیک ایشان در علم مدیریت از ابتدای تأسیس موسسه شروع به پژوهش و تحقیق درباره افراد نیازمند و آسیب‌پذیر جامعه کرد و با رویکردی نوین به مسأله نیکوکاری پرداخت. پس از تحقیقات تصمیم بر آن گرفت که تمرکز خود را روی خانواده‌های بدسرپرست (به ویژه زنان و کودکان) و همچنین کودکان کار و دانش‌آموزان بازمانده از تحصیل قراردهد.
موسسه مهرآفرین به قصد تغییر مسیر زندگی کودکان کار از خیابان به زندان به مسیر از خیابان تا دانشگاه و اصلاح فرهنگ خانواده‌های نیازمند این گروه از آسیب‌دیدگان را به‌عنوان گروه هدف خود انتخاب کرد.
از دیگر نوآوری‌های موسسه مهرآفرین نیز انتساب یک چهره فرهنگی مشهور و مقبول جامعه به‌عنوان سفیر مهرآفرین است که حرکتی شناخته شده در موسسات بین‌المللی غیرانتفاعی مثل یونیسف است و در موسسه مهرآفرین خانم فاطمه معتمد آریا این مسئولیت مهم را پذیرفتند.