رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی ارتحال عالم بزرگوار حجت‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ «محسن علی» نجفی را به علماء و حوزه‌های علمیه پاکستان تسلیت گفتند. متن پیام حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این شرح است: «خبر ارتحال عالم بزرگوار و خدوم مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین جناب حاج شیخ محسن علی نجفی طابَ ثَراه موجب تاثر و تاسف شد. اینجانب فقدان این عالم محترم را به علماء و حوزه‌های علمیه پاکستان، خانواده و دوستداران ایشان مخصوصاً شیعیان محترم «بَلتِستان» تسلیت گفته و از خداوند شکور برای این عالم وارسته غفران واسعه و علو درجات و برای بازماندگان محترم صبر و اجر مسئلت دارم.»