در دو سالی که بر سر انتخاب وزیر علوم بین دولت و مجلس اختلاف بود همواره یک موضوع در صدر خبرهای این وزارتخانه بود و هنوز هم هست؛ اعطاي بورسیه‌های غیرقانونی که ظاهرا در فاصله 88 تا 92 افزايش چشمگيري داشته است. این همان موضوعی است که فرجی‌دانا و وزیران پیشنهادی بعد از او آن را پیگیری کردند و گاه پیگیری‌هایشان صدای نمايندگان را درآورد. حالا بالاخره مجلس اجازه داد که این وزارتخانه وزیر داشته باشد اما هنوز کش و قوس‌ها بر سر بورسیه‌های غیرقانونی ادامه دارد. به تازگی هم معاون حقوقی و پارلمانی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری در ایسنا اعلام کرده است: «ممکن است نام بردن افراد شائبه‌هایی را ایجاد کند که به صلاح دانشجویان و نظام نیست.» سعدالله نصیری‌قیداری این سخن را در واکنش به اعتراضات در این زمینه گفته و اعلام کرده است کسانی که درحال رسیدگی به این پرونده‌ها هستند کارشان را بلدند و بدون ضابطه عمل نمی‌کنند تا حق کسی ضایع نشود.
داریم از اعطای بورسیه غیرقانونی به 1700 نفر صحبت می‌کنیم که به گفته نصیری‌قیداری حتی اگر 10 تا 15‌درصد این افراد هم اعتراض کنند باز 500-400 نفر باقی می‌مانند که رسیدگی به این حجم از پرونده زمان می‌برد. زمان‌بر بودن کارهای اداری حرف عجیبی نیست. چیزی است که در این دو‌سال از زبان دولت یازدهم زیاد شنیده‌ایم. یک حساب ساده هم برای درک این‌که اصلاح رویه‌های هشت ساله در دو‌سال محقق نمی‌شود کافی است. اما این وسط می‌مانند آنهایی که حق‌شان ضایع شده است. آنها که بی‌دلیل در دولت محمود احمدی‌نژاد از ادامه تحصیل یا تدریس محروم شده‌اند و حالا یا به خیل مهاجران پیوسته‌اند یا درگیر و در گرفتاری‌های زندگی غرق شده‌اند. رسیدگی سریع‌تر به این پرونده‌ها و اصلاح بی‌قانونی‌ها و تبعیض‌هایی که در چند ‌سال گذشته در وزارت علوم صورت گرفته شاید اندکی امید آنها را در به دست آوردن جای واقعی‌شان بیشتر کند. شاید بهتر است که وزارت علوم زمان نهایی نتایج بررسی‌ها را معین کند که بالاخره معلوم شود با دارندگان بورسیه‌های غیرقانونی چه زمانی و به چه صورتی برخورد خواهد شد.