وزیر علوم دولت خاتمی با انتقاد از عملکرد مجلس در عدم رأی اعتماد به وزیر پیشنهادی حسن روحانی برای وزارت علوم گفته است این همان مجلسی است که با تایید، سکوت و نظاره‌گری خود عملا شریک هشت‌سال ترویج آلودگی و فساد، تخریب بنیان‌های اخلاقی - فرهنگی و زیرساخت‌های اقتصادی کشور در دولت‌های نهم و دهم بود. شریکی که درعین‌حال به‌عنوان وکیل مردم، شاهد فقر روزافزون موکلان خود هم بود و دم نزد. در چنین وانفسایی است که فرهیختگان صدیق و فرزانه دانشگاهی نمی‌توانند و نباید در انتظار رأی اعتماد از این مجلس و به اصطلاح چنین نمایندگانی باشند. به گزارش فارس، مصطفی معین با انتشار این مطلب در صفحه خود در شبکه اجتماعی فیس‌بوک آورده است: مردم در 22 خرداد 1392با آگاهی و امید به جایگزینی «اصلاح و اعتدال» به جای «افراطی‌گری» رأی دادند و دولت «تدبیر و امید» کار خود را آغاز کرد.  معین عدم رأی اعتماد به نیلی و دیگر وزرای پیشنهادی علوم را تقابل یا باج‌خواهی از یک دولت تازه‌تشکیل و درواقع بازی با مصالح کشور دانست و گفت: این مسأله در طول سال‌های پس از انقلاب بی‌نظیر بوده است!