[یاسمن طاهریان] با ورود هیأتی از ایران به کابل به منظور بررسی حادثه غرق‌شدن تعدادی از مهاجران افغانستانی در مرز دو کشور، تحقیقات درباره آن آغاز شده است. این هیأت به ریاست محسن بهاروند، معاون حقوقی و امور بین‌الملل وزارت خارجه ایران روز سه‌شنبه وارد کابل شد که سیدرسول موسوی، دستیار وزیر خارجه و نماینده مرزبانی ایران نیز او را همراهی کردند. هیأت ایرانی در جریان این تحقیقات با حنیف اتمر، سرپرست وزارت امور خارجه، عبدالله عبدالله، رئیس شورای‌عالی مصالحه و معاون اقتصادی وزارت خارجه و حمید طهماسی معاون شورای امنیت ملی افغانستان دیدار کرد. بهاروند با تأکید بر اینکه مرزبانان و دیپلمات‌های ایران تحقیقات جدی را درباره این حادثه آغاز کرده‌اند، گفت: «تحقیقات ما دال بر این است که به هیچ‌وجه مرزبانان ایرانی دخالتی در این کار نداشته‌اند.» به گفته وزارت خارجه افغانستان، هواپیمای حامل هیأت ایرانی محموله‌ای شامل وسایل و تجهیزات پزشکی را نیز با هدف کمک به مبارزه با ویروس کرونا با خود به افغانستان آورده است.
حنیف اتمر در دیدار با هیأت ایرانی با ارایه تحقیقات خود از این حادثه خواهان تحقیقات مشترک بیشتر شد. سرپرست وزارت خارجه افغانستان هدف از این تحقیقات را کشف حقیقت، رسیدگی قانونی و به‌کارگیری تدابیر لازم برای جلوگیری از وقوع چنین حوادثی در آینده اعلام کرد. اتمر همچنین از تعهد ایران برای بررسی این حادثه به‌طور مشترک خبر داد.
معاون وزارت خارجه ایران در گفت‌وگو با خبرگزاری ایرنا ضمن محکوم‌کردن این حادثه گفت که ایران در سه مورد با افغانستان به توافق رسیده است. نخست اینکه ایران مصاحبه‌هایی را که بازماندگان این حادثه انجام داده‌اند، بررسی خواهد کرد. در صورتی که ایران تخلفی را تشخیص دهد، مراجع مربوطه به آن رسیدگی خواهند کرد. ایران و افغانستان در مرحله دوم توافق‌کردند که با همکاری مشترک یکدیگر جلوی اتفاقاتی مانند قاچاق انسان و رفت‌وآمدهای غیرقانونی را گرفته و درنهایت تلاش‌ها برای قانونی‌شدن تردد شهروندان افغانستان به ایران آغاز شود. بهاروند همچنین گفت درباره موضوع سوم اگرچه توافق‌هایی وجود دارد، اما باید به‌روز شود «تا مردم مجبور نشوند گرفتار قاچاقچیان انسان شوند و خود را در مسیرهای خطرناک بیندازند». هیأت افغانستان در این دیدار مدارک خود را به ایران ارایه کرد و ایران نیز با بررسی این تحقیقات نتایج آن را اعلام خواهد کرد.
رئیس هیأت ایرانی همچنین تأکید کرد که درباره قانونی‌شدن تردد آن دسته از شهروندان افغانستان که برای کار به ایران می‌آیند، مذاکراتی با افغانستان انجام خواهد شد و گفت برخلاف آنچه برخی رسانه‌ها نشان می‌دهند، درباره این موضوع با افغانستان تفاهم کامل داریم. بهاروند با تأکید بر همکاری با افغانستان برای کنترل تردد غیرقانونی گفت: «از اینکه افراد از راه‌های خطرناک عبور کنند و در این مسیر دچار سانحه شوند، هیچ‌کس خوشحال نمی‌شود. هیچ‌کسی هم نمی‌تواند تعرضی به شخصیت و جان انسان‌ها کند، همه این موضوعات در چارچوب قانون وجود دارد و چیز جدیدی نیست.»
رسول موسوی، مدیرکل آسیای غربی وزارت امور خارجه ایران بعد از نخستین ملاقات هیأت‌های ایرانی و افغانستانی از این جلسه اعلام رضایت کرد و با هشدار نسبت به سوءاستفاده مخالفان از این حادثه در حساب کاربری خود در توییتر نوشت: «ملاقات، بحث و درک متقابل خیلی خوبی در کابل داشتیم. در طول تاریخ، هریرود ایران و افغانستان را به یکدیگر متصل کرده است. دشمنان روابط ایران و افغانستان هرگز نمی‌توانند از حادثه هریرود سوءاستفاده کنند.»
روز سیزدهم اردیبهشت برخی از رسانه‌ها مدعی شدند تعدادی از مهاجران افغانستانی که قصد داشتند از دهانه ذوالفقار، شمالی‌ترین نقطه مرز ایران و افغانستان به‌طور غیرقانونی وارد خاک ایران شوند، به وسیله مرزبانان ایرانی متوقف و مجبور به عبور از رودخانه هریرود شدند که تعدادی از آنها غرق و تعدادی نیز ناپدید شدند. برخی از این مهاجران مدعی شده‌اند که مورد ضرب‌وشتم مرزبانان ایرانی قرار گرفته‌اند. مقامات و مرزبانی ایران این ادعا را تکذیب کرده‌اند. سیدعباس موسوی، سخنگوی وزارت خارجه ایران اخبار منتشرشده را تکذیب کرد و مرزبانی ایران نیز با انتشار اطلاعیه‌ای ضمن اعلام بررسی این موضوع آن را تکذیب‌کرد. مهدی محمودی، مدیرکل اتباع و مهاجران خارجی وزارت کشور نیز شکنجه و غرق‌شدن اتباع افغانستانی را رد کرد و گفت با اینکه همچنان درباره صحت این موضوع «تردیدهای اساسی» وجود دارد، اما هرگونه ارتباطی میان این موضوع و مرزبانی ایران مردود است. محمودی گفت: «بر اساس بررسی‌های کارشناسی انجام‌شده ممکن است اتباع مذکور با عبور از نقاط سخت گذر رودخانه قصد ورود به خاک جمهوری اسلامی ایران را داشته‌اند که به علت سطح و سرعت آب تعدادی از آنها غرق شده‌اند.» گفته می‌شود در این حادثه دست‌کم 18 نفر جان خود را از دست داده‌اند. ایران همواره وقوع این حادثه در خاک ایران و به وسیله عوامل ایرانی را رد کرده است و از ابتدا وعده داده که با تشکیل هیأتی ایرانی به همکاری مشترک با افغانستان برای کشف حقیقت می‌پردازد. نخستین جلسه بررسی این حادثه بیست‌وپنجم اردیبهشت‌ماه برگزار شد که در آن هیأتی متشکل از کارشناسان مرزبانی ایران و افغانستان به محل حادثه رفتند تا تحقیقات خود را از نزدیک انجام دهند.